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标题: 如何判断反应生成的是自由基还是离子呢？ [打印本页]

作者
Author: Flights 时间: 2020-2-24 20:05
标题: 如何判断反应生成的是自由基还是离子呢？
想求助一下各位，如何判断反应生成的是自由基还是离子呢？例如HSO5-生成SO4-和OH-，vasp怎么判断哪个是自由基呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-2-24 20:20
HSO5-显然不可能生成SO4-和OH-，电荷都不平衡
这种问题不适合VASP，除非计算体系牵扯到周期性
量化角度上，做个自旋布居分析，算个片段电荷就知道是什么情况
谈谈自旋密度、自旋布居以及在Multiwfn中的绘制和计算
http://sobereva.com/353（http://bbs.keinsci.com/thread-4422-1-1.html）

作者
Author: Flights 时间: 2020-2-24 20:26

sobereva 发表于 2020-2-24 20:20
HSO5-显然不可能生成SO4-和OH-，电荷都不平衡
这种问题不适合VASP，除非计算体系牵扯到周期性
量化角度上 ...

谢谢老师，应该是我没有表达清楚。我的原意是HSO5-可能会分解成两个物质，怎样判断生成的产物哪个是自由基？vasp里面可以做到吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-2-24 20:28

Flights 发表于 2020-2-24 20:26
谢谢老师，应该是我没有表达清楚。我的原意是HSO5-可能会分解成两个物质，怎样判断生成的产物哪个是自由 ...

我不知道有什么理由要用VASP算这个，远不如量化程序合适，分析手段也很匮乏

作者
Author: Flights 时间: 2020-2-24 20:35

sobereva 发表于 2020-2-24 20:28
我不知道有什么理由要用VASP算这个，远不如量化程序合适，分析手段也很匮乏

体系是研究碳材料对PMS活化的影响，计算活化能垒。但是就是不知道怎么确定产物是离子还是自由基。那老师可以推荐一些适合的计算程序嘛？目前就只算过vasp和cp2k~

作者
Author: sobereva 时间: 2020-2-25 18:19

Flights 发表于 2020-2-24 20:35
体系是研究碳材料对PMS活化的影响，计算活化能垒。但是就是不知道怎么确定产物是离子还是自由基。那老师 ...

Gaussian或者ORCA，用簇模型研究（截出片段，边界饱和），结合Multiwfn各种各样的分析都能做。此文就是很好的范例ACS Catal. 2018, 8, 3825−3832

作者
Author: Flights 时间: 2020-2-25 20:30

sobereva 发表于 2020-2-25 18:19
Gaussian或者ORCA，用簇模型研究（截出片段，边界饱和），结合Multiwfn各种各样的分析都能做。此文就是很 ...

好的好的，谢谢老师！

作者
Author: 卡开发发 时间: 2020-2-26 07:25

Flights 发表于 2020-2-24 20:26
谢谢老师，应该是我没有表达清楚。我的原意是HSO5-可能会分解成两个物质，怎样判断生成的产物哪个是自由 ...

vasp或其他周期性程序计算也是同样的，看自旋密度或自旋布居就行，核心问题是，带电荷的表面用VASP不怎么容易处理。

作者
Author: Flights 时间: 2020-2-26 14:49

卡开发发发表于 2020-2-26 07:25
vasp或其他周期性程序计算也是同样的，看自旋密度或自旋布居就行，核心问题是，带电荷的表面用VASP不怎么 ...

感谢回复！请问，可以通过设置NELECT来进行计算带电体系吗？比较纠结的是，怎么让vasp知道我加进去的是离子还是原子呢？

作者
Author: 卡开发发 时间: 2020-2-26 17:02

Flights 发表于 2020-2-26 14:49
感谢回复！请问，可以通过设置NELECT来进行计算带电体系吗？比较纠结的是，怎么让vasp知道我加进去的是离 ...

表面的话VASP没办法处理带电荷的情况。也许可以通过加反电荷的离子避免这种问题。

作者
Author: Flights 时间: 2020-2-29 13:46

卡开发发发表于 2020-2-26 17:02
表面的话VASP没办法处理带电荷的情况。也许可以通过加反电荷的离子避免这种问题。

嗯嗯，目前我也是这么想的，比如加进去一个Na+ 或者 H+，但是就怕vasp识别为H原子和Na原子

作者
Author: 卡开发发 时间: 2020-2-29 13:51

Flights 发表于 2020-2-29 13:46
嗯嗯，目前我也是这么想的，比如加进去一个Na+ 或者 H+，但是就怕vasp识别为H原子和Na原子

量子化学里面电荷是离域的，该有电荷转移的情况合适的方法应该算出来就会表现出电荷转移。

作者
Author: Flights 时间: 2020-3-2 08:50

卡开发发发表于 2020-2-29 13:51
量子化学里面电荷是离域的，该有电荷转移的情况合适的方法应该算出来就会表现出电荷转移。

好的，谢谢大佬！

作者
Author: Flights 时间: 2020-4-2 09:51

sobereva 发表于 2020-2-25 18:19
Gaussian或者ORCA，用簇模型研究（截出片段，边界饱和），结合Multiwfn各种各样的分析都能做。此文就是很 ...

老师我又来请教了。我用cp2k算好了Mulliken布居，可以直接通过mulliken的输出来确定它是否为自由基吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-4-4 05:07

Flights 发表于 2020-4-2 09:51
老师我又来请教了。我用cp2k算好了Mulliken布居，可以直接通过mulliken的输出来确定它是否为自由基吗？

如果给你了自旋布居，可以拿来判断

作者
Author: Flights 时间: 2020-4-5 10:24

sobereva 发表于 2020-4-4 05:07
如果给你了自旋布居，可以拿来判断

老师，它的输出是这个样子，那个netcharge是不是就是对应的mulliken charge?

作者
Author: sobereva 时间: 2020-4-6 20:28

Flights 发表于 2020-4-5 10:24
老师，它的输出是这个样子，那个netcharge是不是就是对应的mulliken charge?

是

作者
Author: Flights 时间: 2020-4-11 12:46

sobereva 发表于 2020-4-6 20:28
是

谢谢老师了哈~

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