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标题: 在Multiwfn四处攻城略地的情况下，我可以宣布NLO Calculator接近寿终正寝了 [打印本页]

作者
Author: yjcmwgk 时间: 2015-8-17 11:45
标题: 在Multiwfn四处攻城略地的情况下，我可以宣布NLO Calculator接近寿终正寝了
本帖最后由 yjcmwgk 于 2015-8-17 14:41 编辑

　　我记得sob说过一句话，大概意思是“由于Multiwfn不断发展，已经让几十个波函数分析程序失去了存在的价值”。
　　终于有一天，我也可以宣布NLO Calculator寿终正寝了。
　　严格来讲，非线性光学计算，不算波函数分析，但是它跟波函数有千丝万缕的联系。我想也正是这个原因，让sob豪气万分地扫荡了这一区域吧。
　　前几天我试用了Multiwfn中的NLO计算部分，发现这部分功能已经涵盖了NLO Calculator至少一半儿的功能了。
　　还没涵盖的功能之一是“Harmonic light intensity as a function of the polarization angle Ψ by polar representation”（可见JPCA, 2012, 116, 10249的Fig. 5）但是这个很简单的，就是几个小公式而已。
　　功能之二是“非线性光学材料的阻尼震荡”（Multiwfn计算的是无阻尼震荡），这个其实也蛮简单的，因为计算公式也已经被我们推导来出了，并发表了。
　　之三是“the Movie of Periodic vibration of electron density distribution driven by an external electromagnetic field with the electric field”，这个其实还是简单的，就是在外加电场条件下进行电子云密度偏转的计算，然后连接成gif动画而已。
　　之二之三，都可以见ChemPhysChem 2015, 16, 1889，至于gif动画可见该文章的Supporting Information

　　如果sob神再把上述这几个功能加上，我觉得NLO Calculator就真的可以彻底寿终正寝了。@ChemiAndy @jiewei @sobereva @14xlliu @卡开发发 @我本是个娃娃 @小范范1989 @superrice

　　其实NLO Calculation的编写，纯属偶然。我爱人还在读博士生的时候，新接触了一个领域，共轭分子体系的二阶非线性光学效应的理论模拟。她啃了一堆文献。
　　这一行儿三个方法，SOS方法，CPHF或CPDFT方法，FF方法。其中FF方法我们嫌太糙，就嫌弃它，不用它。而且国内有一个重要的实验兼理论的课题组也一直用FF方法进行模拟，我们也不想跟人家撞车抢饭碗。更重要的是FF方法无法加入动态超极化率的计算，这是很严重的缺点。
　　至于SOS呢，我们用不起。我们当时要研究的体系太大了，而SOS方法需要考虑上百个激发态才有准确性。SOS(zindo)计算太不准确了，SOS(CIS)计算量可以接受但是在大多数情况下也不够准，而SOS(TD-DFT)计算上百个states我们有点承受不起。
　　最后我们选了CP-DFT(CAM-B3LYP或LC-BLYP)。
　　说是“我们选了”，其实是我爱人选了。她负责idea，我去实现这个程序。我爱人就是这个程序的第一位用户。连名字都是她起的。她说：“这个计算器还挺好用的，挺快捷”。于是我就直接命名为Calculator了。即将发布的时候，我又加了个缩写词NLO，变成了NLO Calculator（非线性光学计算器）。第一个发布版本叫v 0.2
　　后来我继续研究其他领域去了，对NLO的关注度就变小了。后来别人在使用NLO Calculator的时候给出一些bug报告，我便稍稍改动它，于是便有了v 0.21，v 0.22。此时，它还仍旧是一个无阻尼震荡程序。再后来，有个本科毕设的好娃娃，完成了CP-DFT的震荡公式中加入阻尼系数的推导和coding，我便改动版本号为v 0.23。这几年课题组对NLO材料进行了许多实验研究和某些理论研究。有时候需要用到它了就拿来用一用。用不到它的时候也实在想不起它。
　　这个故事好平淡啊，毕竟我这几年也根本没在它身上投入什么精力。浑浑噩噩地让它小范围流传了，我也没关心。这几天要提交一个基金申请书，我突然想起，我要不要看看NLO Calculator被引用了多少次啦？没想到居然也有了十几次了。无心插柳，居然也有人关注。其实这本是我为了方便我爱人的研究而做的一个小程序，而事实上我爱人(L. Zhang)也只用过它一次，后来她也转到别的领域去了。现在看到被T. Zhang呀C.-G. Liu呀J. Wang呀S. Chen呀X. Zhang呀H.-Q. Wu呀L. Zhao呀C. Chen呀C. Wang等人用起来了，我居然有点默默感谢他们的感觉。其实这里面有俩人儿，我认得他们的名字，因为他们以前用邮件给我报告过bug的。这里还应该提及我的师兄Y. Zhang。他的在国外做博后时期，做的一项工作对我们影响重大(Y. Zhang, B. Champagne, J. Phys. Chem. C, 2012, 116, 21973)，第二项工作对我们影响较大(Y. Zhang, B. Champagne, J. Phys. Chem. C, 2013, 117, 1833)，第三项工作有一定影响(Y. Zhang, F. Castet, B. Champagne, Chem. Phys. Lett. 2013, 574, 42)。

　　不过这都快成为历史了吧。前几天我试用了Multiwfn中的NLO计算部分，感觉Multiwfn已经几乎让NLO Calculator失去存在的价值了。如果再加上上述三条功能，它真的就没有存在的必要了。
　　其实我以前从来没想过说这些。现在觉得它要进坟墓啦，就想随便说说而已，说不清是欣喜还是悲伤，或者两者兼而有之，但貌似第三种情绪，也就是敬佩，更多些吧。Multiwfn功能如此繁多，让我十分佩服。以后世界上不会再有NLO Calculator的存在价值了。立此为悼，亦怀欣喜。

作者
Author: yjcmwgk 时间: 2015-8-17 11:46
本帖最后由 yjcmwgk 于 2015-8-17 15:18 编辑

我给NLO Calculator立个小墓碑吧。墓碑上就写这个
三年来引用了NLO Calculator的文章们

==== Research Papers ====
(15) Superalkali atoms bonding to the phenalenyl radical: structures, intermolecular interaction and nonlinear optical properties. S. Chen, H.-L. Xu, S.-L. Sun, L. Zhao, Z.-M. Su, J. Mol. Model. 2015, 21, 209. (DOI: 10.1007/s00894-015-2750-x)
(14) Nature of the Intense Second-Order Nonlinear Optical Activity: DFT Studies on the Octupolarization of Sandwich-Type Bis(phthalocyaninato) Yttrium Skeletons. D. Qi, J. Jiang, ChemPhysChem 2015, 16, 1889. (DOI: 10.1002/cphc.201500082)
(13) Carborane tuning on iridium complexes: redox-switchable second-order NLO responses. J. Wang, W.-Y. Wang, X.-Y. Fang, Y.-Q. Qiu, J. Mol. Mod. 2015, 21, 95. (DOI: 10.1007/s00894-015-2650-0)
(12) Theoretical exploration to the cation effect on the second-order nonlinear optical properties of Strandberg-type polyoxometalates. T. Zhang, W. Guan, S. Wen, T. Ma, L. Yan, Z. Su, J. Theor. Comput. Chem. 2015, 14, 1550007. (DOI: 10.1142/S0219633615500078)
(11) Modulating the Charge Transfer of D−S−A Molecules: Structures and NLO Properties. X. Zhang, H.-Q. Wu, H.-L. Xu, S.-L. Sun, Z.-M. Su, J. Phys. Chem. A 2015, 119, 767. (DOI: 10.1021/jp5103127)
(10) Nature of second-order nonlinear optical response in phthalocyanine derivatives: a density functional theory study. C. Wang, C. Chen, Q. Zhang, D. Qi, J. Jiang, Turk. J. Chem. 2014, 38, 1046. (DOI: 10.3906/kim-1406-39)
(9) Density functional theory study of pure octupolar porphyrazines with second-order nonlinear optical activity. L. Zhao, C. Chen, Z. Li, D. Qi, J. Jiang, J. Porphyrins & Phthalocyanines 2014, 18, 715. (DOI: 10.1142/S1088424614500539)
(8) Li doped effect of through novel noncovalent charge transfer on nonlinear optical properties. H.-Q. Wu, H.-L. Xu, S.-L. Sun, Z.-M. Su, Dyes & Pig. 2014, 106, 7. (DOI: 10.1016/j.dyepig.2014.01.031)
(7) Theoretical exploration on switchable NLO response induced by photochromic properties of covalently connected unsymmetrical spiropyran–polyoxometalate complex. T. Zhang, N. Ma, L. Yan, T. Ma, Z. Su, Dyes & Pig. 2014, 106, 105. (DOI: 10.1016/j.dyepig.2014.03.007)
(6) Density functional theory prediction for the second-order nonlinear optical responses of phenanthroline-fused phthalocyanine derivatives. C. Chen, L. Zhang, L. Zhao, D. Qi, J. Jiang, J. Porphyrins & Phthalocyanines 2014, 18, 56. (DOI: 10.1142/S1088424613500855)
(5) Computational study on redox-switchable second-order nonlinear optical properties of ferrocene-tetrathiafulvalene hybrid. C.-G. Liu, M.-L. Gao, Z.-J. Wu, RSC Adv. 2014, 4, 38300. (DOI: 10.1039/C4RA04548C)
(4) Computational Study on Redox-Switchable Second-Order Nonlinear Optical Properties of Totally Inorganic Keggin-Type Polyoxometalate Complexes. C.-G. Liu, X.-H. Guan, J. Phys. Chem. C 2013, 117, 7776. (DOI: 10.1021/jp400185a)
(3) Density Functional Theory Study on Subtriazaporphyrin Derivatives: Dipolar/Octupolar Contribution to the Second-Order Nonlinear Optical Activity. L. Zhang, D. Qi, L. Zhao, C. Chen, Y. Bian, W. Li, J. Phys. Chem. A 2012, 116, 10249. (DOI: 10.1021/jp3079293) 【这是我爱人作为第一作者的文章，也是NLO Calculator第一次被使用】

==== Conference Papers ====
(2) 以双层酞菁钇配合物为八极矩骨架的二阶非线性光学响应系数的密度泛函理论研究. 齐冬冬, 姜建壮. 中国化学会第十二届全国量子化学会议论文摘要集, 2014, 中国, 太原.
(1) [Oral Presentation] Excellent Second-order Nonlinear Optical Activity Originating from Octupolarization in Sandwich-type Rare Earth Phthalocyanine Skeleton. D. Qi, J. Jiang, The Eighth International Conference on Porphyrins and Phthalocyanines, 2014, Istanbul, Turkey.

最后再给一张动图吧。在外加电磁场的作用下，分子内电子云密度周期震荡图
(, 下载次数 Times of downloads: 138)

作者
Author: ruanyang 时间: 2015-8-17 13:34

作者
Author: 神龍 时间: 2015-8-17 17:06
厉害

作者
Author: aaa 时间: 2015-8-17 17:27

神龍发表于 2015-8-17 17:06
厉害

你是说楼主厉害？还是说sob厉害？

作者
Author: jiewei 时间: 2015-8-17 19:45
坚持开发啊！莫泄气！

作者
Author: 小范范1989 时间: 2015-8-17 20:05
我感觉楼主真的很厉害。在小木虫和sob老师的计算化学公式，给我们这些新手提供的帮助很多。thanks

作者
Author: 神龍 时间: 2015-8-17 20:23

aaa 发表于 2015-8-17 17:27
你是说楼主厉害？还是说sob厉害？

两个都厉害啊，楼主以前在某虫上认识的，很牛的

作者
Author: helpme 时间: 2015-8-17 23:53
这么好的程序还没有用过。下次尝试学习用一下。

作者
Author: superrice 时间: 2015-8-18 03:20
看起来不错啊

作者
Author: aaa 时间: 2015-8-18 17:59
本帖最后由 aaa 于 2015-8-18 18:21 编辑

jiewei 发表于 2015-8-17 19:45
坚持开发啊！莫泄气！

虽然源码连1000行都不到。但是我实在不想继续“开发”下去了。
原因有几个。
其中有一个原因是：我已经受不了这个程序了。源码极其混乱。我自己都不想读它！血的教训告诉我们，注释是多么重要。
看看这个程序一开头的全局变量定义啊
(, 下载次数 Times of downloads: 146)
事实上我从未有过任何“规范写代码”的经历。
再看个例子，我自己愚蠢的例子。
我现在一直用自己写的一个叫做TD-Analy的程序，来进行tddft结果的后处理，但是源码我简直一眼都不想看。
现在看到TD-Analy的代码我都哭笑不得。看看这个，只是为了获得一个文件有多少行儿，我便把文件打开，用readlines()狂读一遍，然后直接关掉。
(, 下载次数 Times of downloads: 151)
这种愚蠢到家的代码为什么会产生呢？以前的代码，虽然都是我亲手敲进去的，但是天知道我当时想的是什么。仅仅时隔一周，我就完全无法向原来的代码中添加任何东西了，只好新开一段，对计算量的浪费就这样产生了。

而且，当初我用的这些变量名怎么都这么奇怪啊，我当时到底想表达什么啊？
(, 下载次数 Times of downloads: 146)

我现在唯一能看懂的，就是我自己用的那些小脚本儿（要么是bash要么是python，反正我一直拿python当bash用），短则数十行，长也就一百行儿。这些我倒是还能看懂。
我自己写的程序嘛，无任何注释，结构千奇百怪，只要超过500行，绝难维护。

我觉得python害死了我。python这个语言简直就是个奇迹。以数组为例。
看看fortran吧，一个数组是real型，那么这个数组里的元素就都必须是real。在python里，我搞一个数组出来，第一个元素是整形数，第二个元素是实形数，第三个元素是一个字符串，第四个元素是一个小数组，第五个元素是个对象……简直完全没有限制。python的语言的极度灵活，让我的程序也极度“灵活”。我又从不做注释，基本可以死翘翘了

作者
Author: aaa 时间: 2015-8-18 18:07

jiewei 发表于 2015-8-17 19:45
坚持开发啊！莫泄气！

呀，某人好像暴露了一个小号儿！小号啊

作者
Author: jiewei 时间: 2015-8-19 09:35

aaa 发表于 2015-8-18 18:07
呀，某人好像暴露了一个小号儿！小号啊

坚持不泄啊。话说你居然有小号。。。啧啧。。。

作者
Author: yjcmwgk 时间: 2015-10-13 10:53
本帖最后由 yjcmwgk 于 2015-10-13 10:55 编辑

jiewei 发表于 2015-8-19 09:35
坚持不泄啊。话说你居然有小号。。。啧啧。。。

我在木虫的时候，小号千千万，如果被骂急了，我能召唤一堆小号冲出来助拳（没真干过这事儿）

曾经我在木虫小号三四十个吧，每一个小号对应的密码都要在本地电脑的txt文件里记录下来。

吃多了撑着几个经常出来晃荡的小号儿，甚至都想好了人设，如真实姓名、性别、年龄、文化程度、尤其重要的是性格特征，发帖时候还要换IP。

作者
Author: yjcmwgk 时间: 2018-4-25 11:23
再次增加引用记录
Journal of Molecular Graphics and Modelling 2018, 81, 155
The Journal of Physical Chemistry C 2017, 121, 5731
The Journal of Physical Chemistry A 2015, 119, 767
Journal of Porphyrins and Phthalocyanines 2018, 22, 137
New Journal of Chemistry 2018, 42, 6091
Inorganic Chemistry Frontiers 2016, 3, 1146
Chemical Physics Letters 2015, 641, 5
RSC Advances 2015, 5, 72907
书籍《Intramolecular Charge Transfer: Theory and Applications》中的Chapter 1（DOI：10.1002/9783527801916）

作者
Author: 迟晨御龙 时间: 2018-12-16 11:47

yjcmwgk 发表于 2015-8-17 11:46
我给NLO Calculator立个小墓碑吧。墓碑上就写这个
三年来引用了NLO Calculator的文章们

请问最新版的NLO Calculator ruhexiazai ? 非常感谢！

作者
Author: xyzzz988 时间: 2023-6-17 00:59
请问最新版的NLO Calculator ruhexiazai ? 非常感谢！

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