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标题: 求助：分子动力学中系综如何选择 [打印本页]

作者
Author: Jerry_Wang 时间: 2019-12-2 20:04
标题: 求助：分子动力学中系综如何选择

各位老师，大家好！

   我有一个分子动力学的问题想请教一下，我想模拟25℃下，在不同溶剂中，药物分子与溶剂分子的氢键作用方式以及药物分子在溶剂中的构象。

   我建了1个药物分子+500个溶剂分子的盒子，我想请教一下针对我这个体系跑分子动力学时，应该如何选择系综呢？

   我这个体系是不是直接用NVT就行了，还是要用NPT和NVT的组合呢？或者还是要采用其他的系综呢？我看有的文献说，NPT是来调整体系的密度，对于我这个体系而言，因为药物分子只有一个，所以体系密度基本等于溶剂本身的密度，所以是不是就没有用NPT的必要呢？
   求各位老师能不吝赐教，谢谢！

作者
Author: wuzhiyi 时间: 2019-12-3 04:20
先跑nvt升温再跑npt确保压力合适
npt基本对nvt是免费的，而且现实生活肯定是npt。
在微观环境下密度会很大，你没法在跑之前确定体积。

作者
Author: sobereva 时间: 2019-12-3 06:30
研究现实环境中的问题，若无特殊情况否则没有用NVT的理由，因为通常研究的现实情况就是等压环境。不要被一些瞎用NVT的文章误导了

如果初始模型搭建得不是很离谱，从头到尾一直用NPT就完了

作者
Author: SSSjjjiao 时间: 2019-12-4 13:44

sobereva 发表于 2019-12-3 06:30
研究现实环境中的问题，若无特殊情况否则没有用NVT的理由，因为通常研究的现实情况就是等压环境。不要被一 ...

就是说，如果我用基本真实的溶解度来放入溶剂分子和溶质分子，那我光用NPT模拟就好了？那模拟时间一般是多少有没有一个可以参考的项

作者
Author: sobereva 时间: 2019-12-4 14:27

SSSjjjiao 发表于 2019-12-4 13:44
就是说，如果我用基本真实的溶解度来放入溶剂分子和溶质分子，那我光用NPT模拟就好了？那模拟时间一般是 ...

一般来说是如此

跑多久看具体体系和具体问题。反正现在计算机运算能力都比较强，要求准确的话，怎么也跑个几十ns，确保采样充分

作者
Author: SSSjjjiao 时间: 2019-12-6 12:16

sobereva 发表于 2019-12-4 14:27
一般来说是如此

跑多久看具体体系和具体问题。反正现在计算机运算能力都比较强，要求准确的话，怎么也 ...

谢谢老师

作者
Author: ocbrother 时间: 2020-12-11 10:26

sobereva 发表于 2019-12-3 06:30
研究现实环境中的问题，若无特殊情况否则没有用NVT的理由，因为通常研究的现实情况就是等压环境。不要被一 ...

sob老师，请问先用NPT berendsen压浴得到密度为2.8，后来切换到PR压浴密度又变成了2.3。这密度变化合理吗。还是说我用berendsen压浴得到密度后，得用NVT？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-12-13 04:28

ocbrother 发表于 2020-12-11 10:26
sob老师，请问先用NPT berendsen压浴得到密度为2.8，后来切换到PR压浴密度又变成了2.3。这密度变化合理吗 ...

二者理应不会差这么多，至少有其中一方的控压参数设得有问题
当前没有用NVT的理由
不是说有绝对必要理由用NPT才用NPT，而是若没有特殊理由，就不该用NVT

作者
Author: ocbrother 时间: 2020-12-13 13:25
本帖最后由 ocbrother 于 2020-12-13 14:02 编辑

sobereva 发表于 2020-12-13 04:28
二者理应不会差这么多，至少有其中一方的控压参数设得有问题
当前没有用NVT的理由
不是说有绝对必要理 ...

老师，我两种控压方式的参数都是默认设置。老师的意思是让我调整PR压浴的参数来让密度和前面相匹配吗?我是研究有机小分子在金属表面吸附，密度稳定后，能不能不改变压浴方式，一直用berendsen，只改变控温，把velocity scale 改成nose-hoover-langevin。

作者
Author: sobereva 时间: 2020-12-14 01:21

ocbrother 发表于 2020-12-13 13:25
老师，我两种控压方式的参数都是默认设置。老师的意思是让我调整PR压浴的参数来让密度和前面相匹配吗?我 ...

不是刻意去匹配，而是用通常来说适合的压浴参数

用berendsen没有实际问题，但是容易被较真的审稿人吐槽
改变控温没有意义，velocity rescale用于所有阶段都是适合的，毫无必要切换到并不比此更好的nose-hoover

作者
Author: ocbrother 时间: 2020-12-14 09:49

sobereva 发表于 2020-12-14 01:21
不是刻意去匹配，而是用通常来说适合的压浴参数

用berendsen没有实际问题，但是容易被较真的审稿人吐 ...

老师，我是研究有机小分子在液相下金属表面吸附的，跑平衡相用的berendsen 压浴 decay constant 是0.1ps，产生相PR压浴 cell time constant 是1ps。请问老师有关于压浴参数的建议吗

作者
Author: sobereva 时间: 2020-12-15 02:21

ocbrother 发表于 2020-12-14 09:49
老师，我是研究有机小分子在液相下金属表面吸附的，跑平衡相用的berendsen 压浴 decay constant 是0.1ps ...

berendsen的tau_p通常用0.5 ps，PR压浴用2.5 ps

作者
Author: ocbrother 时间: 2020-12-15 09:10

sobereva 发表于 2020-12-15 02:21
berendsen的tau_p通常用0.5 ps，PR压浴用2.5 ps

谢谢老师指点！

作者
Author: cabbage 时间: 2025-6-10 16:56

sobereva 发表于 2020-12-13 04:28
二者理应不会差这么多，至少有其中一方的控压参数设得有问题
当前没有用NVT的理由
不是说有绝对必要理 ...

老师您好，如果研究初始体系包括溶质分子、良溶剂和不良溶剂三种分子类型，packmol搭建好模型之后三种分子式混在一起，真实情况可能会将溶质和良溶剂放在一起，想跑一段动力学确定合理的溶液状态，此时选择哪个系综呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2025-6-10 22:01

cabbage 发表于 2025-6-10 16:56
老师您好，如果研究初始体系包括溶质分子、良溶剂和不良溶剂三种分子类型，packmol搭建好模型之后三种分 ...

没特殊情况，一律默认用NPT

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