计算化学公社

标题: VMD怎么画晶格 [打印本页]

作者
Author: Aesar 时间: 2015-7-26 09:31
标题: VMD怎么画晶格
大家好！我做了一个分子动力学计算，拿到的结果轨迹文件是XYZ格式的。导入VMD之后可以直接看动画，但是晶格的线没有了。
请问应该怎么画出来？我找了各种按钮都不行……控制台的命令不知道怎么用

作者
Author: sobereva 时间: 2015-7-26 11:53
xyz格式本身就没有晶格信息
如果用pdb格式的轨迹，倒是有CRYSTL段落记录晶格信息，在VMD里可以用pbc box命令显示出格子

作者
Author: Aesar 时间: 2015-7-26 11:58

sobereva 发表于 2015-7-26 11:53
xyz格式本身就没有晶格信息
如果用pdb格式的轨迹，倒是有CRYSTL段落记录晶格信息，在VMD里可以用pbc box命 ...

对于XYZ格式的轨迹文件，我可不可以在控制台里用命令写出晶格的信息？

作者
Author: sobereva 时间: 2015-7-26 14:00

Aesar 发表于 2015-7-26 11:58
对于XYZ格式的轨迹文件，我可不可以在控制台里用命令写出晶格的信息？

写出也没用，因为xyz格式本来就不记录晶格信息，VMD也不会读取

只能把每一帧晶格信息导出成文本文件里，再自己写个VMD脚本把这些数据读到VMD里的每一帧

欢迎光临计算化学公社 (http://ccc.keinsci.com/)