计算化学公社

标题: 求助:VASP能否预测有机小分子的晶体结构 [打印本页]

作者
Author:
haos314    时间: 2019-10-9 16:45
标题: 求助:VASP能否预测有机小分子的晶体结构
如题 1. 求问 VASP 可以用来预测有机小分子的晶体结构吗?如果可以精度和耗时方面如何?
2. 对于有机小分子的晶体结构预测有推荐的解决方案吗?
要求: 不需要达到发表文章的精度,仅在分子结构的设计阶段作为指导
有机小分子: 非氢原子数 < 25




作者
Author:
wei    时间: 2019-10-9 16:53
1.作为外挂程序可以 2.体系有点大,如果没啥柔性键可以试试
作者
Author:
啃骨魔    时间: 2019-10-9 17:11
USPEX 算多晶型的,免费。
作者
Author:
haos314    时间: 2019-10-9 17:35
wei 发表于 2019-10-9 16:53
1.作为外挂程序可以 2.体系有点大,如果没啥柔性键可以试试

作为外挂程序是其他程序 (比如说 UPEX, calypso) 来调用 VASP 进行计算吗?
作者
Author:
haos314    时间: 2019-10-9 17:37
啃骨魔 发表于 2019-10-9 17:11
USPEX 算多晶型的,免费。

请问老师有样例输入输出文件吗?或者其他参考资料?在此先谢过老师了
作者
Author:
wei    时间: 2019-10-9 19:56
USPEX和calypso对无机材料比较擅长,有机多晶型前者虽然可以做,但也只是刚性分子结果还可以
作者
Author:
get-it    时间: 2019-10-9 20:03
可以看看CSP blind test的方案
作者
Author:
get-it    时间: 2019-10-9 20:04
https://www.ccdc.cam.ac.uk/Community/initiatives/cspblindtests/
作者
Author:
haos314    时间: 2019-10-9 22:06
wei 发表于 2019-10-9 19:56
USPEX和calypso对无机材料比较擅长,有机多晶型前者虽然可以做,但也只是刚性分子结果还可以

好的,多谢老师指点
作者
Author:
haos314    时间: 2019-10-9 22:07
get-it 发表于 2019-10-9 20:04
https://www.ccdc.cam.ac.uk/Community/initiatives/cspblindtests/

这耗时...不敢想,不敢想
作者
Author:
啃骨魔    时间: 2019-10-21 08:48
haos314 发表于 2019-10-9 17:37
请问老师有样例输入输出文件吗?或者其他参考资料?在此先谢过老师了

你好!没用过这个,不过他们网站上有中文教程
作者
Author:
yjmaxpayne    时间: 2019-10-21 10:23
本帖最后由 yjmaxpayne 于 2019-10-21 10:30 编辑

考虑使用:高精度力场初筛-->带色散修正的半经验方法(例如DFTB或者XTB)进行第二轮筛选 --> 结合能靠前的候选结构使用VASP的vdWDF进行进一步筛选 --> 绘制packing density vs. cohesive energy确定packing密度较高且能量较低的选项。 但是你刚开始的构型生成得需要想点儿办法。倒是M$的Polymorph可以作为初步结构猜想的起点。




欢迎光临 计算化学公社 (http://ccc.keinsci.com/) Powered by Discuz! X3.3