计算化学公社

标题: 请教一下各位大佬有关POSCAR文件的问题。 [打印本页]

作者
Author: vayne 时间: 2019-9-24 10:36
标题: 请教一下各位大佬有关POSCAR文件的问题。
图1是我将MS建的碳纳米管模型的原子坐标位置用VMD导出来的数据
我想将其转换成POSCAR文件用于VASP计算碳纳米管的能带结构及DOS
请问各位大佬我将其修改成图2所示POSCAR是否可行

作者
Author: 卡开发发 时间: 2019-9-24 12:52
直接改肯定不行，你得把这些排成VASP的POSCAR的格式才行。

作者
Author: vayne 时间: 2019-9-24 16:56

卡开发发发表于 2019-9-24 12:52
直接改肯定不行，你得把这些排成VASP的POSCAR的格式才行。

格式的话应该没什么大问题。就是我看到的官网上的例子内盒子坐标都是正的，原子数目也不多。不知道这是不是有什么说法？请问您知道吗

作者
Author: 卡开发发 时间: 2019-9-24 17:00

vayne 发表于 2019-9-24 16:56
格式的话应该没什么大问题。就是我看到的官网上的例子内盒子坐标都是正的，原子数目也不多。不知道这是 ...

比如，下面坐标的位置，前三个数是xyz，按你现在的格式肯定不行。

作者
Author: Picardo 时间: 2019-9-24 21:02
你用VMD导出个什么cif或者xyz再用vesta打开转化成POSCAR就完事了

作者
Author: vayne 时间: 2019-9-25 20:13

卡开发发发表于 2019-9-24 17:00
比如，下面坐标的位置，前三个数是xyz，按你现在的格式肯定不行。

嗯嗯这前面的几个数可以删掉我之前用LAMMPS做MD模拟的时候前边几列数不影响计算，不知道VASP会不会受影响，我会删掉的 - -

作者
Author: vayne 时间: 2019-9-25 20:13

Picardo 发表于 2019-9-24 21:02
你用VMD导出个什么cif或者xyz再用vesta打开转化成POSCAR就完事了

好嘞谢谢我试试

作者
Author: 卡开发发 时间: 2019-9-25 21:35

vayne 发表于 2019-9-25 20:13
嗯嗯这前面的几个数可以删掉我之前用LAMMPS做MD模拟的时候前边几列数不影响计算，不知道VASP会不会受影 ...

如果你清楚VASP的输入格式，那么手工进行修改没问题，如果不太了解两者我的转换关系，那么如楼上所说转换成cif再用Vesta转换为POSCAR比较简单。

作者
Author: vayne 时间: 2019-10-8 14:45
你好，我用的是MS自动生成的碳纳米管模型。保存时提示模型必须是晶体才能保存为cif格式，请问如何让其变成晶体呢？

作者
Author: vayne 时间: 2019-10-8 14:46

卡开发发发表于 2019-9-25 21:35
如果你清楚VASP的输入格式，那么手工进行修改没问题，如果不太了解两者我的转换关系，那么如楼上所说转换 ...

你好，我用的是MS自动生成的碳纳米管模型。保存时提示模型必须是晶体才能保存为cif格式，请问如何让其变成晶体呢？

作者
Author: 卡开发发 时间: 2019-10-8 15:06

vayne 发表于 2019-10-8 14:46
你好，我用的是MS自动生成的碳纳米管模型。保存时提示模型必须是晶体才能保存为cif格式，请问如何让其变 ...

MS产生的纳米管有周期性的模型，这种可以做成cif的。

作者
Author: vayne 时间: 2019-10-8 15:37
谢谢，我看到了，但我想请教一个可能特浅薄的问题。就比如我想计算一定长度的碳纳米管的能带、声子态密度，例如10nm长。那我用周期性的模型计算有用吗？亦或是这两种模型的计算差别在哪呢？

作者
Author: vayne 时间: 2019-10-8 15:38

卡开发发发表于 2019-10-8 15:06
MS产生的纳米管有周期性的模型，这种可以做成cif的。

谢谢，我看到了，但我想请教一个可能特浅薄的问题。就比如我想计算一定长度的碳纳米管的能带、声子态密度，例如10nm长。那我用周期性的模型计算有用吗？亦或是这两种模型的计算差别在哪呢？

作者
Author: 卡开发发 时间: 2019-10-8 20:16

vayne 发表于 2019-10-8 15:38
谢谢，我看到了，但我想请教一个可能特浅薄的问题。就比如我想计算一定长度的碳纳米管的能带、声子态密 ...

10nm已经100 Angstroms了，周期性不够，用非周期的又太长，只能近似处理下。

作者
Author: vayne 时间: 2019-10-8 20:51

卡开发发发表于 2019-10-8 20:16
10nm已经100 Angstroms了，周期性不够，用非周期的又太长，只能近似处理下。

- - 好吧谢谢您

作者
Author: vayne 时间: 2019-11-20 23:04

卡开发发发表于 2019-9-24 12:52
直接改肯定不行，你得把这些排成VASP的POSCAR的格式才行。

老师您好还是晶体的问题。VMD里如何给自动生成的石墨烯纳米带施加周期性，让它能成功导成cif格式呢

作者
Author: sobereva 时间: 2019-11-23 08:12

vayne 发表于 2019-11-20 23:04
老师您好还是晶体的问题。VMD里如何给自动生成的石墨烯纳米带施加周期性，让它能成功导成cif格式呢

VMD没有保存cif文件的功能

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