计算化学公社

标题: 求助二维硫化钼超级极化率计算用什么软件合适 [打印本页]

作者
Author: pompy 时间: 2019-9-15 11:08
标题: 求助二维硫化钼超级极化率计算用什么软件合适
最近老师要求计算硫化钼量子点二阶超级极化率。能搜到的都是用Gaussian，但Gaussian通常都用在有机分子上，对过渡金属硫化物不适用。因此求助各位大神vasp能否计算二阶超级极化率，或者有其他途径可以实现对硫化钼量子点二阶超级极化率的计算

作者
Author: sobereva 时间: 2019-9-15 11:47
“Gaussian通常都用在有机分子上，对过渡金属硫化物不适用”完全没这回事，你对Gaussian存在极其严重的错误认识。
Gaussian算这个毫无问题，而且也是最佳选择

作者
Author: pompy 时间: 2019-9-15 11:51

sobereva 发表于 2019-9-15 11:47
“Gaussian通常都用在有机分子上，对过渡金属硫化物不适用”完全没这回事，你对Gaussian存在极其严重的错误 ...

感谢sob老师提醒，我也尝试过用Gaussian计算，但是优化这一步都进行不下去。考虑到计算量的问题我是简单建立一个单层4X4模型，是否应该从周期性结构入手，加入边界条件？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-9-15 12:11

pompy 发表于 2019-9-15 11:51
感谢sob老师提醒，我也尝试过用Gaussian计算，但是优化这一步都进行不下去。考虑到计算量的问题我是简单 ...

我不知道你的具体结构什么样，最好直接贴出来

作者
Author: pompy 时间: 2019-9-15 12:18

sobereva 发表于 2019-9-15 12:11
我不知道你的具体结构什么样，最好直接贴出来

就是一个简单的4X4 单层二硫化钼单元
%chk=MoS2-singlelayer.chk
%mem=6GB
%nprocshared=12
#opt hf/3-21G

structure

0 1
S                0.00000000 0.00000000 4.56016000
S                0.00000000 0.00000000 7.73036000
Mo                1.82789000 0.00000000 6.13667000
S                2.74184000 -1.58300000 4.56016000
S                2.74184000 -1.58300000 7.73036000
Mo                4.56973000 -1.58300000 6.13667000
S                5.48368000 -3.16600000 4.56016000
S                5.48368000 -3.16600000 7.73036000
Mo                7.31157000 -3.16600000 6.13667000
S                8.22552000 -4.74900000 4.56016000
S                8.22552000 -4.74900000 7.73036000
Mo             10.05340000 -4.74900000 6.13667000
S                0.00000000 3.16600000 4.56016000
S                0.00000000 3.16600000 7.73036000
Mo                1.82789000 3.16600000 6.13667000
S                2.74184000 1.58300000 4.56016000
S                2.74184000 1.58300000 7.73036000
Mo                4.56973000 1.58300000 6.13667000
S                5.48368000 0.00000000 4.56016000
S                5.48368000 0.00000000 7.73036000
Mo                7.31157000 0.00000000 6.13667000
S                8.22552000 -1.58300000 4.56016000
S                8.22552000 -1.58300000 7.73036000
Mo             10.05340000 -1.58300000 6.13667000
S                0.00000000 6.33201000 4.56016000
S                0.00000000 6.33201000 7.73036000
Mo                1.82789000 6.33201000 6.13667000
S                2.74184000 4.74900000 4.56016000
S                2.74184000 4.74900000 7.73036000
Mo                4.56973000 4.74900000 6.13667000
S                5.48368000 3.16600000 4.56016000
S                5.48368000 3.16600000 7.73036000
Mo                7.31157000 3.16600000 6.13667000
S                8.22552000 1.58300000 4.56016000
S                8.22552000 1.58300000 7.73036000
Mo             10.05340000 1.58300000 6.13667000
S                0.00000000 9.49801000 4.56016000
S                0.00000000 9.49801000 7.73036000
Mo                1.82789000 9.49801000 6.13667000
S                2.74184000 7.91501000 4.56016000
S                2.74184000 7.91501000 7.73036000
Mo                4.56973000 7.91501000 6.13667000
S                5.48368000 6.33201000 4.56016000
S                5.48368000 6.33201000 7.73036000
Mo                7.31157000 6.33201000 6.13667000
S                8.22552000 4.74900000 4.56016000
S                8.22552000 4.74900000 7.73036000
Mo             10.05340000 4.74900000 6.13667000
S                10.96740000 -6.33201000 4.56016000
S                10.96740000 -6.33201000 7.73036000
S                10.96740000 -3.16600000 4.56016000
S                10.96740000 -3.16600000 7.73036000
S                10.96740000 0.00000000 4.56016000
S                10.96740000 0.00000000 7.73036000
S                10.96740000 3.16600000 4.56016000
S                10.96740000 3.16600000 7.73036000
S                2.74184000 11.08100000 4.56016000
S                2.74184000 11.08100000 7.73036000
S                5.48368000 9.49801000 4.56016000
S                5.48368000 9.49801000 7.73036000
S                8.22552000 7.91501000 4.56016000
S                8.22552000 7.91501000 7.73036000
S                10.96740000 6.33201000 4.56016000
S                10.96740000 6.33201000 7.73036000

作者
Author: sobereva 时间: 2019-9-15 12:29
量子点不需要考虑PBC，要不然也不叫量子点了

你的结构S的数目不是Mo的二倍啊

“优化这一步都进行不下去”说明白到底怎么不能进行

如果你真的是用的HF/3-21G优化的，结果毫无意义

优化至少得用3-21G*结合lanl2DZ，条件好点用6-31G*结合SDD。如果嫌Gaussian算得慢就用ORCA下开RI用纯泛函算

作者
Author: pompy 时间: 2019-9-15 12:41

sobereva 发表于 2019-9-15 12:29
量子点不需要考虑PBC，要不然也不叫量子点了

你的结构S的数目不是Mo的二倍啊

不是二倍的原因是边缘位置主要为S原子。不能运行的原因是结果不收敛，计算两三个小时自动结束。我尝试一下用周期结构和3-21G*结合lanl2DZ优化试试，由于Mo原子的存在很多基组并不适用，选择范围窄很多

作者
Author: sobereva 时间: 2019-9-15 13:05

pompy 发表于 2019-9-15 12:41
不是二倍的原因是边缘位置主要为S原子。不能运行的原因是结果不收敛，计算两三个小时自动结束。我尝试一 ...

能用于Mo的基组一大把，SDD、lanl系列、def2系列、cc-pVnZ-PP...多了去了
3-21G给Mo用结果完全没法要，这么重的原子绝对不能连标量相对论都不在计算中体现出来

你当周期性来算那算的就不叫量子点了，而是单层MoS2

作者
Author: pompy 时间: 2019-9-15 15:25

sobereva 发表于 2019-9-15 13:05
能用于Mo的基组一大把，SDD、lanl系列、def2系列、cc-pVnZ-PP...多了去了
3-21G给Mo用结果完全没法要， ...

受教了，我在http://www.basissetexchange.org/上面找的基组，但很多基组我们学校高斯里边没有支持不能用，我最早用的就是cc-pVnZ，没有后边PP，计算不了。加上PP后服务器不识别

作者
Author: sobereva 时间: 2019-9-17 02:51

pompy 发表于 2019-9-15 15:25
受教了，我在http://www.basissetexchange.org/上面找的基组，但很多基组我们学校高斯里边没有支持不能用 ...

自定义基组啊，仔细看
详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入
http://sobereva.com/60

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