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标题: VASP进行分子动力学模拟相关问题求助 [打印本页]

作者
Author: 小螃蟹 时间: 2019-9-6 16:38
标题: VASP进行分子动力学模拟相关问题求助
给位老师大神好，我在VASP手册中查找到有关分子动力学模拟的内容，然后尝试进行分子动力学计算。有以下几个问题：
1，VASP进行分子动力学模拟后是怎样查看作业是否正常结束，
2，XDATCAR这个文件中可以得到分子动力学模拟过程中的分子构型坐标，那么我如何可以将它的运动轨迹可视化呢？
3，我看到一篇理论计算的文献，里面有一段是这样写的：
(, 下载次数 Times of downloads: 61)
我不太明白黄色线标注部分的意思，这是通过进行分子动力学模拟后再进行电子动力学模拟吗？VASP手册中没有找到关于这部分的介绍。
还请各位大神帮忙指点一二。

作者
Author: flwboka 时间: 2019-9-7 08:51
1. 查看log文件可以看到计算进度
2. XDATCAR可以用vmd打开，或者用ase打开，就可以看到具体构型，也可以在ase里面转换dmol-arc格式，然后将文件里的空行替换为任意数字，改后缀名为arc，就可以拖到MS里可视化查看了
3. 也没看懂

作者
Author: 小螃蟹 时间: 2019-9-7 11:36

flwboka 发表于 2019-9-7 08:51
1. 查看log文件可以看到计算进度
2. XDATCAR可以用vmd打开，或者用ase打开，就可以看到具体构型，也可以在 ...

谢谢你的解答，

不过文献中的描述真是有些难懂。

作者
Author: get-it 时间: 2019-9-7 13:35
关于3，可能是载流子的模拟，你需要再仔细看看文章

作者
Author: 小螃蟹 时间: 2019-9-9 12:12

flwboka 发表于 2019-9-7 08:51
1. 查看log文件可以看到计算进度
2. XDATCAR可以用vmd打开，或者用ase打开，就可以看到具体构型，也可以在 ...

1，VASP计算分子动力学输出文件中是没有.log文件的，查看作业的进度应该是在OSZCAR或OUTCAR文件中吧，我想问的是：如何判断是正常结束了计算任务
2，XDATCAR文件包含不同时间段下的构型，但是我尝试了VMD软件并不能对它可视化（VMD不识别XDATCAR文件）

作者
Author: 小螃蟹 时间: 2019-9-9 17:25

get-it 发表于 2019-9-7 13:35
关于3，可能是载流子的模拟，你需要再仔细看看文章

我看了做IET分析的相关文献，发现应该不是载流子的模拟。

作者
Author: 小螃蟹 时间: 2019-9-9 17:33

get-it 发表于 2019-9-7 13:35
关于3，可能是载流子的模拟，你需要再仔细看看文章

文献中有关于计算细节的介绍： (, 下载次数 Times of downloads: 30) (, 下载次数 Times of downloads: 45) ，但是我不太理解EHT理论去做电子动力学模拟，不知道是不是还是用的VASP计算的。

作者
Author: flwboka 时间: 2019-9-25 08:52

小螃蟹发表于 2019-9-9 12:12
1，VASP计算分子动力学输出文件中是没有.log文件的，查看作业的进度应该是在OSZCAR或OUTCAR文件中吧，我 ...

对的 vasp计算没有log文件的输出我本来想说的是运行任务 " vasp > out " 时得到的out文件因为现在使用的计算平台直接把这个文件的名称写成xxx.log 才错说成log文件抱歉

作者
Author: 小螃蟹 时间: 2019-9-25 17:46

flwboka 发表于 2019-9-25 08:52
对的 vasp计算没有log文件的输出我本来想说的是运行任务 " vasp > out " 时得到的out文件因为现 ...

嗯目前我已经可以使用小程序从XDATCAR里面直接提取出每个构型啦，然后运行轨迹在vasprun.xml里可以通过VMD查看

作者
Author: 活性炭 时间: 2020-8-18 10:38

小螃蟹发表于 2019-9-25 17:46
嗯目前我已经可以使用小程序从XDATCAR里面直接提取出每个构型啦，然后运行轨迹在vasprun.xml里可以通过 ...

你好，请问怎么提取XDATCAR中的构型将轨迹可视化呢？烦请详细说明一下！

作者
Author: zblxyrz 时间: 2020-8-18 11:12
XDATCAR可以用ovito查看

作者
Author: 活性炭 时间: 2020-8-20 16:42

zblxyrz 发表于 2020-8-18 11:12
XDATCAR可以用ovito查看

请问用VASP跑MD后查看轨迹是看哪个文件呢？

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