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标题: 如何在cp2k中使用reaction path作为CV [打印本页]

作者
Author: ZXW1993 时间: 2019-9-3 15:00
标题: 如何在cp2k中使用reaction path作为CV

CP2k中FORCE_EVAL / SUBSYS / COLVAR / REACTION_PATH/模块下FUNCTION参数是什么意思？

作者
Author: ZXW1993 时间: 2019-9-3 15:52
@sobereva 希望老师能够帮忙解答一下，谢谢！

作者
Author: k64_cc 时间: 2019-9-3 16:01
还是的，你用PLUMED不好吗，非要跟CP2K的倒霉文档过不去干嘛……

作者
Author: ZXW1993 时间: 2019-9-3 16:06

k64_cc 发表于 2019-9-3 16:01
还是的，你用PLUMED不好吗，非要跟CP2K的倒霉文档过不去干嘛……

因为不会装cp2k，所以没法用plumed，您有装cp2k的教程吗？网上的很多教程我试验了都不行。。。

作者
Author: fhh2626 时间: 2019-9-3 23:44

ZXW1993 发表于 2019-9-3 16:06
因为不会装cp2k，所以没法用plumed，您有装cp2k的教程吗？网上的很多教程我试验了都不行。。。

话说你不会装CP2K的话也没法用CP2K自带的CV啊。。。

作者
Author: k64_cc 时间: 2019-9-4 10:11

ZXW1993 发表于 2019-9-3 16:06
因为不会装cp2k，所以没法用plumed，您有装cp2k的教程吗？网上的很多教程我试验了都不行。。。

6.x不行的话你试试5.x

作者
Author: ZXW1993 时间: 2019-9-4 10:18

fhh2626 发表于 2019-9-3 23:44
话说你不会装CP2K的话也没法用CP2K自带的CV啊。。。

现在Ubuntu18.04可以联网自己装cp2k，但是自己装就不会了。。。

作者
Author: ZXW1993 时间: 2019-9-4 10:18

k64_cc 发表于 2019-9-4 10:11
6.x不行的话你试试5.x

好的，我再试试

作者
Author: ZXW1993 时间: 2019-9-6 11:08

k64_cc 发表于 2019-9-3 16:01
还是的，你用PLUMED不好吗，非要跟CP2K的倒霉文档过不去干嘛……

您好，我现在装上了plumed，有一个问题想向您请教一下。plumed中PATH CV的TYPE关键词都有哪些选项啊，我看教程里使用的选项都没有介绍，这个是不是先定义一种距离计算方法，然后再使用TYPE关键词引用定义的方法？

作者
Author: k64_cc 时间: 2019-9-6 13:59

ZXW1993 发表于 2019-9-6 11:08
您好，我现在装上了plumed，有一个问题想向您请教一下。plumed中PATH CV的TYPE关键词都有哪些选项啊，我 ...

我觉得你理解得对，TYPE应该是定义距离的计算方法的，如果只用RMSD推荐PATHMSD。不过PATH支持的那几个方法我也没用过，我们lab用这个功能的人今天没来，所以我也没辙……

https://www.plumed.org/doc-v2.5/user-doc/html/dists.html
这里面提到的应该都能用（我猜）

作者
Author: ZXW1993 时间: 2019-9-6 14:30

k64_cc 发表于 2019-9-6 13:59
我觉得你理解得对，TYPE应该是定义距离的计算方法的，如果只用RMSD推荐PATHMSD。不过PATH支持的那几个方 ...

好的，谢谢您的回复！

作者
Author: ZXW1993 时间: 2019-9-7 10:02

k64_cc 发表于 2019-9-6 13:59
我觉得你理解得对，TYPE应该是定义距离的计算方法的，如果只用RMSD推荐PATHMSD。不过PATH支持的那几个方 ...

您好，不好意思又来麻烦您了。请问您知道plumed如何续算吗，是只要使用RESTART命令就行吗？

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