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标题: DMol3如何计算特定原子的频率呢？ [打印本页]

作者
Author: zzm925427892 时间: 2019-8-29 11:12
标题: DMol3如何计算特定原子的频率呢？
谢谢

作者
Author: 卡开发发 时间: 2019-8-29 15:01
DMol3 Calculations->Properties->Frequency->More，选择你指定的原子add，然后勾选Calculate Partial Hessian。

作者
Author: zzm925427892 时间: 2019-8-29 15:18

卡开发发发表于 2019-8-29 15:01
DMol3 Calculations->Properties->Frequency->More，选择你指定的原子add，然后勾选Calculate Partial Hess ...

好的谢谢您

作者
Author: wuzhiyi 时间: 2019-8-30 06:10
DMol3算频率慢到吐血

作者
Author: zzm925427892 时间: 2019-8-30 09:41

wuzhiyi 发表于 2019-8-30 06:10
DMol3算频率慢到吐血

是的，但没办法啊

作者
Author: zzm925427892 时间: 2019-8-30 09:43

卡开发发发表于 2019-8-29 15:01
DMol3 Calculations->Properties->Frequency->More，选择你指定的原子add，然后勾选Calculate Partial Hess ...

您好，我刚刚按照您说的步骤算了一遍，还是算的全部的原子的频率。。。不知道问题出在哪里。。

作者
Author: 卡开发发 时间: 2019-8-30 12:50

zzm925427892 发表于 2019-8-30 09:43
您好，我刚刚按照您说的步骤算了一遍，还是算的全部的原子的频率。。。不知道问题出在哪里。。

按道理不应该。还有两种方法可以试试：
1、非活性区域试着做固定；
2、非活性区域的原子质量设置到很大，比如9999

作者
Author: zzm925427892 时间: 2019-8-30 19:39

卡开发发发表于 2019-8-30 12:50
按道理不应该。还有两种方法可以试试：
1、非活性区域试着做固定；
2、非活性区域的原子质量设置到很大 ...

好的谢谢您，我再试下！

作者
Author: kyuu 时间: 2019-8-31 09:13

卡开发发发表于 2019-8-30 12:50
按道理不应该。还有两种方法可以试试：
1、非活性区域试着做固定；
2、非活性区域的原子质量设置到很大 ...

何来的单原子或单种类原子振动，难道不是伪命题吗，今日差评

作者
Author: nnu-xyk 时间: 2019-9-27 15:32
你好，问题解决了吗？我这边也是这个方法算的，然后计算出来频率有问题，一半正一半负，以氨气分子为例，算整体的时候频率全部是正的，使用这个方法以后，选择N原子为partial hessian，计算出来的频率就是一半正一半负。困扰好几天了，实在是想问下

作者
Author: 卡开发发 时间: 2019-9-27 18:24
本帖最后由卡开发发于 2019-9-27 18:25 编辑

nnu-xyk 发表于 2019-9-27 15:32
你好，问题解决了吗？我这边也是这个方法算的，然后计算出来频率有问题，一半正一半负，以氨气分子为例，算 ...

所以这种方法有很大任意性，也就是说不参与有限差分的原子的振动耦合不被考虑在计算中，但并没有什么明确依据，使用的时候应当非常慎重，一般作为EF方法精修过渡态的话勉强可以用一下。非要说个物理意义你可以认为那些原子的质量是∞，这样算出来的质量加权的Hessian矩阵只有活性区域是非0的，这样就解除了那些原子的耦合。

作者
Author: nnu-xyk 时间: 2019-10-6 10:33

卡开发发发表于 2019-9-27 18:24
所以这种方法有很大任意性，也就是说不参与有限差分的原子的振动耦合不被考虑在计算中，但并没有什么明确 ...

非常感谢您的回复，抱歉，隔这么久才看到真的是非常不好意思。对于周期性体系想要获取频率实在是太慢了，这个partial hessian的方法负值太多，现在只能尝试计算全部的振动频率，有意思的是计算全部的频率时，频率全部是正的。另外一个问题，我的体系里含75个原子，非线性的振动频率个数应该是3N-6也就是219个，但是outmol里有225也就是3N个，这也是有点费解，方便还请告知一下。

作者
Author: granvia 时间: 2019-10-6 11:22
特定原子的频率？不懂啥意思

作者
Author: 卡开发发 时间: 2019-10-6 12:09

nnu-xyk 发表于 2019-10-6 10:33
非常感谢您的回复，抱歉，隔这么久才看到真的是非常不好意思。对于周期性体系想要获取频率实在是太慢了， ...

1、那要看获得频率做什么事情。如果只是过渡态计算，那么即便有负值影响并不是很大，可以通过TS opt，这个Hessian本身就是SR1的初猜；但如果计算热化学性质，那么这样的方法使用需要很慎重，原因在上面已经提到了。
2、outmol里面是按照3N算的，平动和转动的投影是在tools-vib analysis完成的，所以这里显示3N-6。

作者
Author: nnu-xyk 时间: 2019-10-6 15:03

卡开发发发表于 2019-10-6 12:09
1、那要看获得频率做什么事情。如果只是过渡态计算，那么即便有负值影响并不是很大，可以通过TS opt，这 ...

非常感谢您的回答，想获取频率来计算反应的动力学参数，所以有点麻烦。想偷懒使用这方法，没想到用不上了，还是老老实实慢慢算吧。再次感谢您的回答。

作者
Author: nnu-xyk 时间: 2019-10-6 15:10

granvia 发表于 2019-10-6 11:22
特定原子的频率？不懂啥意思

因为是在slab上面吸附的，考虑到平面在吸附时发生的形变小，因此slab的频率发生的变化不会太大，所以主要的贡献是来自吸附质的，因此叫做“特定原子的频率”，另计算ΔG时需要使用频率，很多文献中也是使用这样的方法，不过不是在dmol3里面，而是在vasp。是这样的思路，有不妥之处还请告知。

作者
Author: 卡开发发 时间: 2019-10-6 17:47

nnu-xyk 发表于 2019-10-6 15:10
因为是在slab上面吸附的，考虑到平面在吸附时发生的形变小，因此slab的频率发生的变化不会太大，所以主要 ...

确实有这么做的，方法是一样的。非要这么做的话，也许你可以试试把算完频率的结构勾选using starting Hessian来读取freq计算得到的Hessian再优化一下看看能否把虚频消除。

作者
Author: nnu-xyk 时间: 2019-10-6 18:50

卡开发发发表于 2019-10-6 17:47
确实有这么做的，方法是一样的。非要这么做的话，也许你可以试试把算完频率的结构勾选using starting Hes ...

好，另还有一个问题,就是我在使用Tools里面的vibrational analysis时提示计算错误，原子质量为0，但是看properties里面质量不为零啊，这样有补救的办法吗？还是只能重新优化了？详见附件。

作者
Author: granvia 时间: 2019-10-6 19:32

卡开发发发表于 2019-9-27 18:24
所以这种方法有很大任意性，也就是说不参与有限差分的原子的振动耦合不被考虑在计算中，但并没有什么明确 ...

原因应该是强制把Hessian矩阵分块对角化，子块未必是正定的吧？

作者
Author: 卡开发发 时间: 2019-10-6 19:55
本帖最后由卡开发发于 2019-10-6 19:57 编辑

granvia 发表于 2019-10-6 19:32
原因应该是强制把Hessian矩阵分块对角化，子块未必是正定的吧？

是。但能分块的原因就是因为其他块都是0。但是选择特定的块有可能能够正定，这就有很大任意性。

作者
Author: 卡开发发 时间: 2019-10-6 19:56

nnu-xyk 发表于 2019-10-6 18:50
好，另还有一个问题,就是我在使用Tools里面的vibrational analysis时提示计算错误，原子质量为0，但是看p ...

看一下是否处于xsd文件激活状态，具体原因我也不是很了解。

作者
Author: nnu-xyk 时间: 2019-10-7 09:23

卡开发发发表于 2019-10-6 19:56
看一下是否处于xsd文件激活状态，具体原因我也不是很了解。

感谢回答。

另using starting hessian在xsd文件里右击并没有这个选项呀，具体操作方便告知下吗？就是您上面提到的那个。

作者
Author: 卡开发发 时间: 2019-10-7 09:42

nnu-xyk 发表于 2019-10-7 09:23
感谢回答。另using starting hessian在xsd文件里右击并没有这个选项呀，具体操作方便告知下吗？就 ...

DMol3 Calculations->Task=Geom Optimization->More

作者
Author: nnu-xyk 时间: 2019-10-15 13:00

卡开发发发表于 2019-10-7 09:42
DMol3 Calculations->Task=Geom Optimization->More

老师您好，还是这个频率的问题，之前计算举的例子氨气在ms7.0里计算N原子为partial hessian时出现负值，而在ms2019里使用同样的一套参数及方法，然后并没有负值，我已经懵了.....

作者
Author: 卡开发发 时间: 2019-10-15 13:46

nnu-xyk 发表于 2019-10-15 13:00
老师您好，还是这个频率的问题，之前计算举的例子氨气在ms7.0里计算N原子为partial hessian时出现负值， ...

看一下vibration analysis里面的option是否都勾选project out zero freq modes？

作者
Author: nnu-xyk 时间: 2019-10-15 17:01

卡开发发发表于 2019-10-15 13:46
看一下vibration analysis里面的option是否都勾选project out zero freq modes？

outmol里是如此的，您说的这个也勾选了。

作者
Author: 卡开发发 时间: 2019-10-15 17:33

nnu-xyk 发表于 2019-10-15 17:01
outmol里是如此的，您说的这个也勾选了。

应该参考vibration analysis的。
当然，其他可能也会存在着一些计算参数上的差异，我没用过新版本，但从以往几个版本来说，确实或多或少存在这种问题。

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