计算化学公社

标题: ECD计算做图出现问题，审稿人提出，求大神帮忙，希望早日过稿 [打印本页]

作者
Author: 我不照相 时间: 2019-8-21 08:30
标题: ECD计算做图出现问题，审稿人提出，求大神帮忙，希望早日过稿
图片中黑色是实测CD红色是计算的，实测左侧的那个峰有个叉，计算的是没有的，审稿人说这是有很大差别的，想问一下大家，这种情况应该如何改进两条曲线的相似度呢，那个叉的问题应该如何解释

作者
Author: Evanwill 时间: 2019-8-21 08:58
提供的信息太少，一般来说，可以通过调整计算的水平，或者增加计算的构象，还有就是注意计算构象的合理性来入手

作者
Author: 一只耳 时间: 2019-8-21 09:00
给的信息太少了。。。简单说一下我的看法。
我上学时就是专门做手性的，算了不少CD，题主这种情况在我看来很常见。
1，分子间或者分子内相互作用，形成了新的构型，新的夹角。
2，计算不全面，我们以前计算都不是只计算一个最稳定构型，起码算上10个左右，之后列出Boltzmann distribution
3，溶剂影响，我有几篇文章，同样的物质在不同溶剂下，CD是不同的。
暂时想到这3个，可能有不足之处，仅供参考。

作者
Author: zjxitcc 时间: 2019-8-21 09:16
渣画质看着实在难受
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作者
Author: 我不照相 时间: 2019-8-21 21:44

Evanwill 发表于 2019-8-21 08:58
提供的信息太少，一般来说，可以通过调整计算的水平，或者增加计算的构象，还有就是注意计算构象的合理性来 ...

请问具体还需要什么信息，目前我也希望改变计算水平改善曲线，但是不知道要怎么设置，希望大神多多指教，我可以将更多的信息发给你帮我看一下嘛

作者
Author: 我不照相 时间: 2019-8-21 21:47

一只耳发表于 2019-8-21 09:00
给的信息太少了。。。简单说一下我的看法。
我上学时就是专门做手性的，算了不少CD，题主这种情况在我看来 ...

老师，可以帮我看看嘛，需要什么其他信息，我可以传上来，一开始我是想重测CD的，因为觉得可能是实测太浓了，但是现在仪器使用不方便，就想着从计算的角度也找找原因，如果更改计算水平的话，要怎么选择呢

作者
Author: 一只耳 时间: 2019-8-22 09:04
本帖最后由一只耳于 2019-8-22 09:07 编辑

我不照相发表于 2019-8-21 21:47
老师，可以帮我看看嘛，需要什么其他信息，我可以传上来，一开始我是想重测CD的，因为觉得可能是实测太浓 ...

我可不是老师，已经投身岛国工业，赚钱去了~~~
重做实验也要解释峰值的不同啊。。。

如果只想做计算来解释，那么有几个方法可以试试。
1，增加构型数量，用软件计算能量，从最低到高，取十个进行计算，看看有没有相似的峰值。我们都是用的是conflex计算的，你要去自己找一下。Sob有一款软件也能找，你可以问问社长。
题主的图看起来像是形成了新的夹角，使峰值分裂了。
2.可以使用高斯scan功能，设置夹角变化角度，扫出整个变化能。
这个要看你的分子结构如何，大体系的话，有点困难。。。
3.寻找相关文献引用解释，也可以的，我有篇大分子，老板以前的手下的研究室直接引用了文章的一个结论。
但是关联性要高。

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