ClayFF力场常用于黏土及水分子/阴阳离子的模拟，最早于2004年发布于JPCB（https://doi.org/10.1021/jp0363287），引用千次有余。但网上关于该力场的讨论似乎较少，特别是其在GROMACS中的应用。楼主初学MD，试图基于论文中给出的参数编写GROMACS适用的力场文件，但在此过程中发现一些参数取值略奇怪，：
ClayFF力场中，利用简谐振动模型描述羟基OH键的伸缩振动和弯曲振动（见图中右半公式），但将文中Force Constant转为GROMACS中所用单位时，我发现其值与其他力场相差甚大（仅有一半左右），这令我让我感到非常费解。
随后我查到了另一篇应用ClayFF进行计算的文献（doi:10.1016/j.gca.2011.01.026），发现列于SI的力场参数也与原文不符，取值为原文两倍左右（接近常见FF所用参数）。
能否请坛里前辈帮忙看看，正好2倍的差值是我对力场参数的理解在哪里出问题了么？作为一篇被广泛引用的经典论文，小生觉得问题出在自己身上的概率更大些。
望不吝赐教，感谢！
agent99 发表于 2019-7-26 03:40
有的力场里面的简谐项的力常数是把胡克定律里的那个1/2乘到里面的，而有的力场不乘
ruanyang 发表于 2019-7-26 21:35
可以试试这个力场 https://bionanostructures.com/interface-md/
阿di达思 发表于 2019-7-27 15:54
您好，请问您现在是否成功使用过clayff在gromacs进行计算？能否共享一下力场文件。
KnightWE 发表于 2019-7-28 22:13
抱歉，还在尝试中，还存在一些问题。等弄完之后我会上传到github
tjuptz 发表于 2019-7-29 16:34
您好，我在https://github.com/thomasunderwood/ClayFF/issues/1 上看到了您的提问，请问该力场文件跟原 ...
KnightWE 发表于 2019-7-29 18:47
作者似乎是根据他自己的体系做了一定的修正（有个0.89倍的系数），总体来说没问题，我给作者发了邮件还没 ...
tjuptz 发表于 2019-7-29 19:00
谢谢，期待您的分享~
KnightWE 发表于 2019-7-30 02:02
原作者的力场文件里species没写全（我看了他的毕业论文，因为他的体系不需要所有参数），你按照你需要的 ...
KnightWE 发表于 2019-7-30 02:02
原作者的力场文件里species没写全（我看了他的毕业论文，因为他的体系不需要所有参数），你按照你需要的 ...
chieko 发表于 2023-1-10 23:21
Advances in Clayff Molecular Simulation of Layered and Nanoporous Materials and Their Aqueous Interf ...
阿di达思 发表于 2019-7-27 15:54
您好，请问您现在是否成功使用过clayff在gromacs进行计算？能否共享一下力场文件。
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