计算化学公社

标题: 求助晶体结构cif文件 [打印本页]

作者
Author: Poe 时间: 2019-7-10 09:34
标题: 求助晶体结构cif文件
本帖最后由 Poe 于 2019-7-10 10:42 编辑

我想做这两个分子(如下图所示)的QM/MM的计算研究，但是我在网上一直没有找到他们的晶体结构数据，希望各位老师同学们如果有这两个分子的晶体数据和需要引用参考文献，可否发给我作为参考，万分感谢！如果哪位老师或者同学有晶体结构，有需要资源互换的可以找我私聊（并不想被人当做伸手党）再次感谢大家！

作者
Author: shenchaoren 时间: 2019-7-10 10:26
用SciFinder或Reaxys数据库检索具有相同或者相似骨架的分子（相似度可以在检索中设置），查找是否有文献报道它们的单晶结构，如果有报道，根据查到的相应文献的doi或者晶体结构的CCDC number在CCDC数据库（https://ccdc.cam.ac.uk/）中检索出cif文件。如果是相似但不完全相同的结构，在此基础上编辑修改（Chem3D，GV等），然后优化结构。PS 不要在论坛当伸手党

作者
Author: Poe 时间: 2019-7-10 10:37

shenchaoren 发表于 2019-7-10 10:26
用SciFinder或Reaxys数据库检索具有相同或者相似骨架的分子（相似度可以在检索中设置），查找是否有文献报 ...

你说的这些方法我都全部试过了，都没找到，只找到一个具有相似的结构的分子，但是考虑到实际堆积情况可能会因为一个小的基团的改变而产生很大的变化，同时为了我后续研究的精确度所以我才想在论坛上问问大家是否有实验晶体结构（并不是所谓的伸手党），同时也非常感谢你提供的新思路，这些我都会尝试一下的，再次感谢。

作者
Author: shenchaoren 时间: 2019-7-10 12:04

Poe 发表于 2019-7-10 10:37
你说的这些方法我都全部试过了，都没找到，只找到一个具有相似的结构的分子，但是考虑到实际堆积情况可能 ...

在这里问尚不在数据库登记、未发表的实验晶体结构，一般情况下即使有也很可能不愿意告诉你。既然找到了具有相似的结构的分子，在这个结构的基础上编辑修改一下基团变成你要的结构，再作optimization，这样也能用于QM/MM吗？

作者
Author: Poe 时间: 2019-7-10 14:25

shenchaoren 发表于 2019-7-10 12:04
在这里问尚不在数据库登记、未发表的实验晶体结构，一般情况下即使有也很可能不愿意告诉你。既然找到了 ...

在相似结构上修改基团优化后的结构再做QM/MM的话，结果肯定是不如直接从已有实验晶体结构中取出一部分再做QM/MM准确，这就是我需要实验晶体数据的原因。

欢迎光临计算化学公社 (http://ccc.keinsci.com/)