计算化学公社

标题: 请教:可以查找相似化合物的网站或软件 [打印本页]

作者
Author:
李德贤    时间: 2019-6-29 15:25
标题: 请教:可以查找相似化合物的网站或软件
我有一个化合物dodecan-12-olide,想查一下它的相似化合物,特别是想找有相同C原子数的环,请问有什么好的方法? (, 下载次数 Times of downloads: 28)

PubChem的Find Similar Structures感觉不太理想


作者
Author:
liyuanhe211    时间: 2019-6-29 19:44
本帖最后由 liyuanhe211 于 2019-6-29 19:50 编辑

“相似”这个说法太模糊了,谁也不知道(包括人和程序)你想找的是在哪方面相似的东西。

(你确实说了个“相同碳原子数的环”,这个检索其实可以用一些数据库的检索语言实现,但着实没提供多少有用信息,可能还有误导性,例如“环十二烷”相似吗?18-冠-6相似吗?环状碳硅醚...-C-O-Si-O-...相似吗?有桥环、并环的情况是否考虑?我是想不出什么实用情况能包括这些分子。)

最好给出研究背景(例如要做个大环内酯化反应等等)或者给出尽可能多的、有代表性的哪些化合物是你认为相似的,哪些化合物不是你认为相似的。


作者
Author:
indec    时间: 2019-6-30 02:47
SciFinder 可以根据相似度搜索化合物。
作者
Author:
李德贤    时间: 2019-6-30 16:32
liyuanhe211 发表于 2019-6-29 19:44
“相似”这个说法太模糊了,谁也不知道(包括人和程序)你想找的是在哪方面相似的东西。

(你确实说了个 ...

谢谢您的答案。
我想做的是3d-qsar,已经知道这个化合物活性很高,并且有文献猜测内酯和环结构是关键的药效团,所以想找一些带有这么大的环和内酯的化合物,测一下活性。
作者
Author:
李德贤    时间: 2019-6-30 16:34
indec 发表于 2019-6-30 02:47
SciFinder 可以根据相似度搜索化合物。

这个是需要付费的吧?




欢迎光临 计算化学公社 (http://ccc.keinsci.com/) Powered by Discuz! X3.3