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标题: 使用gromacs计算溶剂化自由能时，在经历npt模拟时，体系跑散 [打印本页]

作者
Author: you837554 时间: 2019-6-11 10:49
标题: 使用gromacs计算溶剂化自由能时，在经历npt模拟时，体系跑散
按照李老师的微博上讲解的步骤进行的，在只有ILs-PI的体系平衡后的.gro里插入一个C02分子，之后进行以下步骤，在进行完NVT之后，NPT会出现体系跑散的情况。

最速下降能量最小化
NVT平衡
NPT平衡
NPT系综的数据收集

作者
Author: sobereva 时间: 2019-6-11 12:38
做NVT是多余的。直接做NPT，把控压时间常数改大让盒子变化别那么快就完了

先跑个最正常的NPT模拟，别加不是必需的参数，确保NPT过程正常

作者
Author: you837554 时间: 2019-6-11 17:13

sobereva 发表于 2019-6-11 12:38
做NVT是多余的。直接做NPT，把控压时间常数改大让盒子变化别那么快就完了

先跑个最正常的NPT模拟，别加 ...

谢谢sob老师，之前在跑过npt平衡在使用md算法时过程是正常的，但是改成sd之后就会跑散掉

作者
Author: you837554 时间: 2019-6-12 10:12

sobereva 发表于 2019-6-11 12:38
做NVT是多余的。直接做NPT，把控压时间常数改大让盒子变化别那么快就完了

先跑个最正常的NPT模拟，别加 ...

sob老师在跑最正常的npt时没有遇到这样的问题在计算溶剂化自由能的时候将压力常数修改到了0.2还是会散掉

在计算自由能的时候体系散掉，目前找到的原因是integrator = sd 在使用 md 时体系没有散掉

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Author: sobereva 时间: 2019-6-12 19:58

you837554 发表于 2019-6-12 10:12
sob老师在跑最正常的npt时没有遇到这样的问题在计算溶剂化自由能的时候将压力常数修改到了0.2还是 ...

我不晓得你用sd有什么意义，这种郎之万动力学如今没什么实际意义

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