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标题: MS如何建立缺陷石墨烯的模型 [打印本页]

作者
Author: Accelerator 时间: 2019-6-10 20:29
标题: MS如何建立缺陷石墨烯的模型
希望建立五元环和七元环部分取代六元环的石墨烯模型，尝试用MS自带的石墨结构切出石墨烯单层然后修改，发现非常困难，折腾了一整天也没有画出来。这种结构有什么好的建模方法吗？

作者
Author: Aristotler 时间: 2019-6-10 21:49
本帖最后由 Aristotler 于 2019-6-10 21:52 编辑

我的经验是基本模型先用MS建好，存成cif, 用GW 做细节调整，你这个缺陷应该是分分钟的。如果不知道怎么用Gauss view 的gjf格式转化成cif (我会用的就是先导成POSCAR (如果你会的话))，之后用VESTA 又可以存成cif了

作者
Author: granvia 时间: 2019-6-10 22:40
手工试试Stone-Wales transformation

作者
Author: Accelerator 时间: 2019-6-10 22:43

Aristotler 发表于 2019-6-10 21:49
我的经验是基本模型先用MS建好，存成cif, 用GW 做细节调整，你这个缺陷应该是分分钟的。如果不知道怎么用G ...

...我觉得MS画这个缺陷非常困难
全六元环里把一些六元环改成五元环或七元环然后手动重新连接各个碳原子最后总会发现得不到合理的连接关系反复折腾了一天要吐了
请问你是怎么画缺陷的(

作者
Author: Aristotler 时间: 2019-6-11 08:58
啊？告诉你了啊用gauss view就行的

作者
Author: Accelerator 时间: 2019-6-11 09:47

Aristotler 发表于 2019-6-11 08:58
啊？告诉你了啊用gauss view就行的

抱歉我真的不知道如何快速用GV画这个模型(
例如现在这个要如何只保留红框部分其他都变为六元环呢
(, 下载次数 Times of downloads: 104)

作者
Author: Accelerator 时间: 2019-6-11 09:48

granvia 发表于 2019-6-10 22:40
手工试试Stone-Wales transformation

就是将C-C键旋转90度吧尝试的就是这个方法可惜很难想象出要通过怎样的旋转顺序建立任意缺陷结构(

作者
Author: Accelerator 时间: 2019-6-11 09:56

granvia 发表于 2019-6-10 22:40
手工试试Stone-Wales transformation

就是将C-C键旋转90度吧尝试的就是这个方法可惜很难想象出要通过怎样的旋转顺序建立任意缺陷结构(

作者
Author: granvia 时间: 2019-6-11 13:17

Accelerator 发表于 2019-6-11 09:56
就是将C-C键旋转90度吧尝试的就是这个方法可惜很难想象出要通过怎样的旋转顺序建立任意缺陷结构(

这个可能需要编程来实现了

作者
Author: Aristotler 时间: 2019-6-11 17:03

Accelerator 发表于 2019-6-11 09:47
抱歉我真的不知道如何快速用GV画这个模型(
例如现在这个要如何只保留红框部分其他都变为六元环呢

你直接画一个石墨烯，然后扣掉C原子（做出红框部分）不就行吗？之后你想键连就键连，虽然也没啥关系

作者
Author: Accelerator 时间: 2019-6-11 17:17

Aristotler 发表于 2019-6-11 17:03
你直接画一个石墨烯，然后扣掉C原子（做出红框部分）不就行吗？之后你想键连就键连，虽然也没啥关系

其他部分不理清连接关系并用分子力学预优化的话初始结构太差了吧只把红线部分做好后各个原子空出来的价键难道要任凭结构优化吗(

作者
Author: Aristotler 时间: 2019-6-11 21:21
不然你想怎样？其他部分怎么理清键连关系？你这个问题超出题目范围了

作者
Author: Accelerator 时间: 2019-6-11 21:58

Aristotler 发表于 2019-6-11 21:21
不然你想怎样？其他部分怎么理清键连关系？你这个问题超出题目范围了

...对于一个之前做量化的人来说这个操作闻所未闻就像是画乙烷就在3个氢气分子上加两个碳原子然后扔去优化的操作一样
不理清键连关系要怎样确保收敛到的是想要的结构呢

作者
Author: Aristotler 时间: 2019-6-12 09:17

Accelerator 发表于 2019-6-11 21:58
...对于一个之前做量化的人来说这个操作闻所未闻就像是画乙烷就在3个氢气分子上加两个碳原子然后扔去优 ...

哪个操作闻所未闻? 你的比喻不符合你现在的体系...而且你是来求教的，我们也好心告诉你了，为什么不客气呢，有一句谢谢吗？

作者
Author: 薛定谔的老猫 时间: 2020-2-9 19:21

Aristotler 发表于 2019-6-10 21:49
我的经验是基本模型先用MS建好，存成cif, 用GW 做细节调整，你这个缺陷应该是分分钟的。如果不知道怎么用G ...

请问如果需要构建一定缺陷密度石墨烯的模型呢？没有查到具体的缺陷密度的计算公式，感谢！

作者
Author: get-it 时间: 2020-2-10 10:51
大部分人都是手工调整，也可以用图论辅助整理结构，不过难度就大了
https://arxiv.org/abs/2001.10684

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