计算化学公社

标题: 柔性扫描判断过渡态问题？ [打印本页]

作者
Author: liuyjhx 时间: 2019-6-10 15:39
标题: 柔性扫描判断过渡态问题？
老师柔性扫描过渡态是这样的结果是不是证明没有过渡态？

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2019-6-10 16:17
如果柔性扫描的变量设计合理，算是一个指征。当然如果变量设计的不合理，就没有意义。有时需要二维甚至更高维度的扫描才能更好的佐证没有过渡态。

作者
Author: liuyjhx 时间: 2019-6-10 17:12

liyuanhe211 发表于 2019-6-10 16:17
如果柔性扫描的变量设计合理，算是一个指征。当然如果变量设计的不合理，就没有意义。有时需要二维甚至更高 ...

好的，谢谢老师，柔性扫描出现了最高点，新的问题有出现了，用这个最高点作为初猜寻找过渡态发现两个分子逐渐远离？这是什么问题呀老师？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-6-11 09:11

liuyjhx 发表于 2019-6-10 17:12
好的，谢谢老师，柔性扫描出现了最高点，新的问题有出现了，用这个最高点作为初猜寻找过渡态发现两个分子 ...

没有具体结构、细节、输出文件不好说。
确认计算级别合理，优化步长上限设小再试

作者
Author: liuyjhx 时间: 2019-6-11 09:36

sobereva 发表于 2019-6-11 09:11
没有具体结构、细节、输出文件不好说。
确认计算级别合理，优化步长上限设小再试

老师，这分别是我的扫描输出文件和最高点寻找TS输出文件,谢谢老师

作者
Author: sobereva 时间: 2019-6-11 10:22

liuyjhx 发表于 2019-6-11 09:36
老师，这分别是我的扫描输出文件和最高点寻找TS输出文件,谢谢老师

你先优化出成键后的结构，然后把键长逐渐拉远。这个扫描曲线如果有最大点，而且结构像TS，再用这个点优化TS

作者
Author: liuyjhx 时间: 2019-6-11 10:53

sobereva 发表于 2019-6-11 10:22
你先优化出成键后的结构，然后把键长逐渐拉远。这个扫描曲线如果有最大点，而且结构像TS，再用这个点优化 ...

好的，谢谢老师

作者
Author: liuyjhx 时间: 2019-6-11 18:31

sobereva 发表于 2019-6-11 10:22
你先优化出成键后的结构，然后把键长逐渐拉远。这个扫描曲线如果有最大点，而且结构像TS，再用这个点优化 ...

老师我可以把距离直接拉长1埃，然后进行+，-扫描吗？还是必须逐渐从0.1~1.0埃？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-6-12 20:00

liuyjhx 发表于 2019-6-11 18:31
老师我可以把距离直接拉长1埃，然后进行+，-扫描吗？还是必须逐渐从0.1~1.0埃？

不理解你的意图，你那样做没什么益处

作者
Author: liuyjhx 时间: 2019-6-12 20:07

sobereva 发表于 2019-6-12 20:00
不理解你的意图，你那样做没什么益处

老师就是把范围扩大，看能不能找到最高点作为找过渡态的初猜结构

作者
Author: sobereva 时间: 2019-6-12 20:47

liuyjhx 发表于 2019-6-12 20:07
老师就是把范围扩大，看能不能找到最高点作为找过渡态的初猜结构

意义不明
从平衡结构开始扫呗，你的做法怎么就扩大了

作者
Author: liuyjhx 时间: 2019-6-12 22:02

sobereva 发表于 2019-6-12 20:47
意义不明
从平衡结构开始扫呗，你的做法怎么就扩大了

好的谢谢老师

作者
Author: 雷鑫欣 时间: 2025-6-9 21:10

liyuanhe211 发表于 2019-6-10 16:17
如果柔性扫描的变量设计合理，算是一个指征。当然如果变量设计的不合理，就没有意义。有时需要二维甚至更高 ...

您好我想请教一下，怎样才是正确的二维或是三维扫描的设置，能否举个例子

作者
Author: 北大-陶豫 时间: 2025-6-10 10:14

雷鑫欣发表于 2025-6-9 21:10
您好我想请教一下，怎样才是正确的二维或是三维扫描的设置，能否举个例子

ModRedundant把想扫描的都写一遍就行了，像这样：

复制代码

作者
Author: 雷鑫欣 时间: 2025-6-25 13:38

北大-陶豫发表于 2025-6-10 10:14
ModRedundant把想扫描的都写一遍就行了，像这样：

谢谢

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