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标题: 已知两个化合物各自的pdb及top，如何得到两个化合物聚合后的top去模拟？ [打印本页]

作者
Author: 万年流星 时间: 2019-6-3 10:49
标题: 已知两个化合物各自的pdb及top，如何得到两个化合物聚合后的top去模拟？
已知两个化合物各自的pdb及top，如何得到两个化合物聚合后的top去模拟？有什么方法来实现呐？

作者
Author: 万年流星 时间: 2019-6-3 10:54
力场为gromos

作者
Author: diaok 时间: 2019-6-3 17:36

万年流星发表于 2019-6-3 10:54
力场为gromos

力场选好不改了吗？
可以自己把top做成残基形式，键连和键角二面角之类再找对应参数补上恰当的

作者
Author: sobereva 时间: 2019-6-3 17:41
看具体是什么化合物，不同体系处理做法明显不同，有的有简单办法，有的得用通用但复杂的办法

作者
Author: 万年流星 时间: 2019-6-3 18:07

diaok 发表于 2019-6-3 17:36
力场选好不改了吗？
可以自己把top做成残基形式，键连和键角二面角之类再找对应参数补上恰当的

主要是gromos力场下载到了这两种化合物的pdb及top，在其他力场比如opls力场就没找到参数。可以详细讲下吗？

作者
Author: 万年流星 时间: 2019-6-3 18:12

万年流星发表于 2019-6-3 18:07
主要是gromos力场下载到了这两种化合物的pdb及top，在其他力场比如opls力场就没找到参数。可以详细讲下吗 ...

这两个化合物得到的聚合物怎么实现呢？

(, 下载次数 Times of downloads: 25)

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Author: diaok 时间: 2019-6-3 21:00

万年流星发表于 2019-6-3 18:12
这两个化合物得到的聚合物怎么实现呢？

简单点的antechamber完事，其他力场就要自己删除添加处理各种键，原子序号还要重编很麻烦

作者
Author: 万年流星 时间: 2019-6-4 10:52

diaok 发表于 2019-6-3 21:00
简单点的antechamber完事，其他力场就要自己删除添加处理各种键，原子序号还要重编很麻烦

好的，谢谢

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