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标题: 求助：slab优化后结构变化太大原因是什么？ [打印本页]

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Author: 飞翔的猪 时间: 2019-6-1 13:42
标题: 求助：slab优化后结构变化太大原因是什么？
本帖最后由飞翔的猪于 2019-6-1 13:45 编辑

大家好，最近做Cu3P的slab优化，发现优化前后结构变化特别大，原子位置偏移非常大，我优化了两次，实验了加偶极校正和不加偶极校正，发现：优化出来的结构偏差都很大，想求助是什么原因造成的？用vasp.5.4.4 ，POTCAR用的PAW_PBE

INCAR:

system=Cu3P 1-10
ISTART=0
ICHARG=2
ENCUT=400
EDIFF=1E-5
EDIFFG=-0.05
NSW=200
IBRION=2
LDIPOL=.TRUE
IDIPOL=3
ISIF=2
ISMEAR=1
SIGMA=0.1
LREAL=Auto
LWAVE=.FALSE
LCHARG=.FALSE
PREC=Normal

KPOINTS
Cu3P(1-10)
0
Gamma
1 1 1
0 0 0

参照文献：Theoretical insights into the effective hydrogen evolution on Cu3P and its evident improvement by surface-doped Ni atoms

文献图及自己优化前后的图如下所示：

作者
Author: 卡开发发 时间: 2019-6-1 14:07
本帖最后由卡开发发于 2019-6-1 14:09 编辑

我想可能是固定的原因，但我不确定这么做一定是合理的。另外k点我不确定你是否认真测试过。之前我自己用其他程序做了下Cu2O的重构也比较严重，暂时不能确定这样的体系是理论方法导致的还是其他因素。

作者
Author: 飞翔的猪 时间: 2019-6-1 14:55
本帖最后由飞翔的猪于 2019-6-1 15:23 编辑

卡开发发发表于 2019-6-1 14:07
我想可能是固定的原因，但我不确定这么做一定是合理的。另外k点我不确定你是否认真测试过。之前我自己用其 ...

bulk的K点测试过，slab的K点目前只测试了2个Gamma点，我看有帖子说需要用DFT+U的方法 https://mp.weixin.qq.com/s/_mHWSPhmoOSmqFtDZdBiZQ，

我看到您在http://bbs.keinsci.com/thread-6299-1-1.html帖子中对这个方法的探讨了，对于含Cu的这种元素测定，一直没有摸到头绪

作者
Author: 卡开发发 时间: 2019-6-1 17:00

飞翔的猪发表于 2019-6-1 14:55
bulk的K点测试过，slab的K点目前只测试了2个Gamma点，我看有帖子说需要用DFT+U的方法 https://mp.weixin. ...

VASP做线性响应你可以参考http://bbs.keinsci.com/thread-11942-1-1.html #4楼的说法。那个微信引用的是原来小木虫上面发的，但那个对自洽-线性响应方法的描述是错的，参考的地址我的回复也提到了。VASP可能没办法再做进一步的自洽-线性响应，也许需要修改源码使得U和线性势alpha同时施加。

如果你有什么过程不清楚我们可以再讨论。

作者
Author: 飞翔的猪 时间: 2019-6-1 21:03

卡开发发发表于 2019-6-1 17:04
我觉得也是plain DFT对Cu这些化合物的描述有问题。VASP做DFT+U参考这里http://bbs.keinsci.com/thread-11 ...

谢谢您提供的链接我先学习一下

作者
Author: sky 时间: 2019-6-1 21:21
原子位置偏移非常大以及优化后的结构完全乱了，九成是输入文件错了，特别是POSCAR和POTCAR里元素不对应。
加上各种矫正计算都只会在越来的结构上有稍微的偏移，现在的结果这么差，不可能加几个矫正就正常了。

作者
Author: ccjjww25 时间: 2020-7-17 10:10
本帖最后由 ccjjww25 于 2020-7-17 10:13 编辑

sky 发表于 2019-6-1 21:21
原子位置偏移非常大以及优化后的结构完全乱了，九成是输入文件错了，特别是POSCAR和POTCAR里元素不对应。
...

十分感谢老师的解答，我也遇到了和帖主一样的问题，表面优化时原子都跑散了，看了老师回答才发现是POSCAR和POTCAR里元素不对应导致的。

作者
Author: 朱陈 时间: 2022-3-27 16:19

卡开发发发表于 2019-6-1 14:07
我想可能是固定的原因，但我不确定这么做一定是合理的。另外k点我不确定你是否认真测试过。之前我自己用其 ...

卡开发发老师，打扰您了，请问如果表面结构发生严重重构是不是意味着不适合用来研究表面催化反应了。谢谢您

作者
Author: 卡开发发 时间: 2022-3-27 16:29

朱陈发表于 2022-3-27 16:19
卡开发发老师，打扰您了，请问如果表面结构发生严重重构是不是意味着不适合用来研究表面催化反应了。谢谢 ...

如果重构后的结构确实存在且具备催化活性，也并非不能用来研究，稳定的表面不见得适合用来做催化。

作者
Author: 朱陈 时间: 2022-3-27 16:32

卡开发发发表于 2022-3-27 16:29
如果重构后的结构确实存在且具备催化活性，也并非不能用来研究，稳定的表面不见得适合用来做催化。

感谢老师回复，请问老师如何确定重构后的结构存在，是根据实验上的表征吗?谢谢老师！

作者
Author: 卡开发发 时间: 2022-3-27 16:51

朱陈发表于 2022-3-27 16:32
感谢老师回复，请问老师如何确定重构后的结构存在，是根据实验上的表征吗?谢谢老师！

这个确实得根据实验，计算要确定诸多因素比较困难，比如要论证稳定性就得分热力学和动力学稳定性两方面，这些实际做起来不大容易。

作者
Author: 朱陈 时间: 2022-3-27 18:33

卡开发发发表于 2022-3-27 16:51
这个确实得根据实验，计算要确定诸多因素比较困难，比如要论证稳定性就得分热力学和动力学稳定性两方面， ...

谢谢老师指点

作者
Author: kingbb 时间: 2024-9-15 22:48
同学，请问这个问题解决了吗，我也在算Cu化合物，发现结构优化后，晶体原子排布都不稳定

作者
Author: kingbb 时间: 2024-9-16 17:31

卡开发发发表于 2019-6-1 14:07
我想可能是固定的原因，但我不确定这么做一定是合理的。另外k点我不确定你是否认真测试过。之前我自己用其 ...

请问卡卡老师，这种Cu体系晶体做吸附和结构优化时，出现结构跑散的问题有方法解决吗？我最近也在算Cu体系晶体，发现进行吸附优化时，结构很容易优化到散架，试了很多参数都不行。

作者
Author: 卡开发发 时间: 2024-9-16 20:07

kingbb 发表于 2024-9-16 17:31
请问卡卡老师，这种Cu体系晶体做吸附和结构优化时，出现结构跑散的问题有方法解决吗？我最近也在算Cu体系 ...

不好说，得看具体的体系和计算参数。

作者
Author: kingbb 时间: 2024-9-16 21:29

卡开发发发表于 2024-9-16 20:07
不好说，得看具体的体系和计算参数。

我可以私发给卡卡老师吗？

作者
Author: 卡开发发 时间: 2024-9-17 12:21

kingbb 发表于 2024-9-16 21:29
我可以私发给卡卡老师吗？

可以。

作者
Author: kingbb 时间: 2024-10-23 10:15

卡开发发发表于 2024-9-17 12:21
可以。

谢谢卡卡老师，已经给您发生好友申请了

作者
Author: kkk99999 时间: 3 day ago

sky 发表于 2019-6-1 21:21
原子位置偏移非常大以及优化后的结构完全乱了，九成是输入文件错了，特别是POSCAR和POTCAR里元素不对应。
...

我也遇到一样的问题发现最后一个原子Br写成B的赝势了，不过元素不对应也能进行计算的吗

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