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标题: 求助：POSCAR原子固定选择 [打印本页]

作者
Author: 飞翔的猪 时间: 2019-5-6 10:29
标题: 求助：POSCAR原子固定选择
大家好，下图是VESTA导出的3层CuO(111)面，我想做表面吸附，固定2层原子，表面原子驰豫，如何根据这个图片或者POSCAR信息确定2层对应原子的坐标位置，谢谢

POSCAR为：
poscar-CuO(111)-3layers
1.0
      4.1205000877       0.0000000000       0.0000000000
   -2.0602391757       5.5047951905       0.0000000000
      0.0000000000       0.0000000000       17.2539005280
Cu O
6 6
Direct
   0.074910023       0.649820003       0.027680000
   0.644950005       0.789890001       0.138409996
   0.214980035       0.929959999       0.249140008
   0.359929995       0.219859993       0.083049999
   0.929960025       0.359929991       0.193780011
   0.500000007       0.499999989       0.304510009
   0.682400031       0.364800018       0.000000000
   0.252439991       0.504869973       0.110729998
   0.822470047       0.644949976       0.221459996
   0.467420038       0.934840031       0.055360000
   0.037450001       0.074909996       0.166089995
   0.607490014       0.214980005       0.276819992

作者
Author: cokoy 时间: 2019-5-6 12:10
https://www.bigbrosci.com/2018/11/11/ex73/#more
上面链接里有脚本，或者你按Z方向坐标排序，然后固定两层对应的Z以内的，再把顺序还原。

作者
Author: 飞翔的猪 时间: 2019-5-6 18:50

cokoy 发表于 2019-5-6 12:10
https://www.bigbrosci.com/2018/11/11/ex73/#more
上面链接里有脚本，或者你按Z方向坐标排序，然后固定两 ...

非常感谢提供的脚本参考，里面给的内容和操作还是挺详细的，我来学习一下，谢谢

作者
Author: 活性炭 时间: 2020-8-20 16:35

cokoy 发表于 2019-5-6 12:10
https://www.bigbrosci.com/2018/11/11/ex73/#more
上面链接里有脚本，或者你按Z方向坐标排序，然后固定两 ...

你好，这个链接打不开，请重发一下吧

作者
Author: 活性炭 时间: 2020-8-20 16:37
你好，请问这个问题解决了吗？请教一下具体怎么固定呢？

作者
Author: lcq845402558 时间: 2020-8-20 17:00
VESTA有原子顺序的编号啊，对应在POSCAR的那一行。固定原子的帖子网上多得很，多搜一搜就好了。无非就是TTT FFF.
https://jingyan.baidu.com/article/0aa22375455ff488cc0d64b9.html

作者
Author: cokoy 时间: 2020-8-20 17:29

活性炭发表于 2020-8-20 16:35
你好，这个链接打不开，请重发一下吧

我能打开啊。。要不你直接用vaspkit吧

作者
Author: Penson 时间: 2020-8-20 18:46
直接用vaspkit就可以选择固定几层

作者
Author: 活性炭 时间: 2020-8-20 20:58

cokoy 发表于 2020-8-20 17:29
我能打开啊。。要不你直接用vaspkit吧

你好，能具体说说怎么来固定么？或者有相关的链接么？

作者
Author: 活性炭 时间: 2020-8-20 20:59

Penson 发表于 2020-8-20 18:46
直接用vaspkit就可以选择固定几层

之前没有用过，请问，有教程么？

作者
Author: Penson 时间: 2020-8-21 20:55

活性炭发表于 2020-8-20 20:59
之前没有用过，请问，有教程么？

有，可以搜一下Bilibili啦啦嘿还嘿的分享视频，有单独一节介绍vaspkit

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