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标题: gromacs模拟二维材料在离子液体中的NPT任务崩溃问题 [打印本页]

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gaussian08    时间: 2019-4-27 21:19
标题: gromacs模拟二维材料在离子液体中的NPT任务崩溃问题
大家好,我现在做一个二维材料在离子液体的溶解和结构研究,我通过packmol通过fixed将几层二维材料和液体混合,二维材料位于box的中心位置,初始结构box设置比较大,
然后将二维材料通过freezegrp固定,通过文献给定材料的电荷和LJ参数,进行NVT模拟,然后想通过NPT进行压缩到一定的密度,但是一直不成功,有时候box一直增加,体系crashed,
下面是我的npt输入:
title           = NPT equilibration
;define         = -DPOSRES      ; position restrain the protein
; Run parameters
integrator      = md            ; leap-frog integrator
nsteps          = 2500000       ; 2 * 500000 = 100 ps
dt              = 0.001         ; 2 fs
; Output control
nstxout         = 5000  ; save coordinates every 0.2 ps
nstvout         = 5000  ; save velocities every 0.2 ps
nstenergy       = 1000  ; save energies every 0.2 ps
nstlog          = 1000  ; update log file every 0.2 ps
; Bond parameters
continuation    = no            ; Restarting after NVT
constraints     = none  ; all bonds (even heavy atom-H bonds) constrained
constraint_algorithm = LINCS
freezegrps      = MXE
freezedim       = Y Y Y
; Neighborsearching
ns_type         = grid          ; search neighboring grid cells
nstlist         = 10            ; 10 fs
rlist           = 1             ; short-range neighborlist cutoff (in nm)
rcoulomb        = 1             ; short-range electrostatic cutoff (in nm)
rvdw            = 1             ; short-range van der Waals cutoff (in nm)
; Electrostatics
coulombtype     = PME           ; Particle Mesh Ewald for long-range electrostatics
pme_order       = 4             ; cubic interpolation
fourierspacing  = 0.16          ; grid spacing for FFT
vdwtype         = cutoff
; Temperature coupling is on
tcoupl          = nose-hoover   ; modified Berendsen thermostat
tc-grps         = system        ; two coupling groups - more accurate
tau_t           = 0.2           ; time constant, in ps
ref_t           = 300           ; reference tempure, one for each group, in K

; Pressure coupling is on
pcoupl          = Berendsen     ; Pressure coupling on in NPT
pcoupltype      = isotropic     ; uniform scaling of box vectors
tau_p           = 0.5           ; time constant, in ps
ref_p           = 1.0           ; reference pressure, in bar
compressibility = 4.5e-5        ; isothermal compressibility of water, bar^-1
refcoord_scaling = all
; Periodic boundary conditions
pbc             = xyz           ; 3-D PBC
; Dispersion correction
DispCorr        = EnerPres      ; account for cut-off vdW scheme
; Velocity generation
gen_vel         = yes           ; assign velocities from Maxwell distribution
gen_temp        = 300           ; temperature for Maxwell distribution
gen_seed        = -1            ; generate a random seed

不知道怎么回事,大家给点建议。

好像网上说freezegrp不能和NPT一起用,但是我如何构建初始结构呢?达到一定的密度。





作者
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sobereva    时间: 2019-4-28 03:36
如置顶的新社员必读贴和论坛首页的公告栏所示,求助帖必须在帖子标题明确体现出“提问”、“求助”要素及具体内容(仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html),我已把你的标题“gromacs材料模拟”改了,以后务必注意

甭用freeze,改成位置限制,和NPT就不冲突了
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gaussian08    时间: 2019-4-28 08:36
sobereva 发表于 2019-4-28 03:36
如置顶的新社员必读贴和论坛首页的公告栏所示,求助帖必须在帖子标题明确体现出“提问”、“求助”要素及具 ...

谢谢




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