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标题: VASP程序计算CI-NEB的相关问题 [打印本页]

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Author: 小螃蟹 时间: 2019-4-18 15:28
标题: VASP程序计算CI-NEB的相关问题
我用的是编译了VTST后的VASP程序，用CI-NEB的方法寻找过渡态。首先确定始末态的构型后对其分别进行单点能计算，再将计算单点能后的始末态的POSCAR和OUTCAR分别放入00和06文件夹中，用nebmake.pl指令插入5个图像，如 (, 下载次数 Times of downloads: 46) ，然后在文件夹外放入INCAR，KPOINTS,POTCAR和脚本，提交作业。
现有两个问题想要请教：1，我作业提交后500圈算完均未能收敛，请问这可能什么原因导致的呢？
2，如果5个图像构型均收敛成功了，那么是不是这5个图像中能量最高的最有可能是我要找的过渡态？然后对其做频率计算验证。
下图为我的输入文件：还请各位大神指点。
(, 下载次数 Times of downloads: 42)

作者
Author: hakuna 时间: 2019-4-18 21:29
你的做法有点问题：
1.初态和末态构型需要优化，而不是只作一个单点
2.把优化好的始、末态结构发在同一文件夹下，注意改一下名字，如分别命名为POSCAR1和POSCAR2, 相应的INCAR、POTCAR、KPOINTS也放在这里；
3.插入中间结构：nebwmake.pl POSCAR1 POSCAR2 n (n是插入结构数目)，此时会自动在这里生成01~0n+1等n+1个文件夹，其中00下是初态结构，0n下是末态结构，01~0n里分别是插入的n个中间结构；
4.检查插入中间结构的合理性，特别是不要出现原子间距过近的情况，可用nebavoid.pl限定原子间最小距离。这个非常必要，可以说关乎你TS搜索的成败。
5.你的INCAR里很多参数都是默认值没必要写进去，如果只用CNEB搜TS的话，力的收敛精度差了点。
6.不收敛原因有很多，譬如初态和末态选择不合理、插入的初始结构不够准确等等。另外，搜索TS是个迭代过程，不一定百分百的都收敛。
7.CNEB收敛后，要做频率计算，如果是个鞍点，再检查一下虚频对应的振动模式是否正确
8.也可以把CNEB与DIMER结合使用，先用CNEB粗略搜一下TS，找到其中能量高的image，根据经验判断一下是否像过渡态，如果像，作为TS初猜，再跑dimer继续搜TS。有时候这样会快些。

作者
Author: 小螃蟹 时间: 2019-4-19 09:33

hakuna 发表于 2019-4-18 21:29
你的做法有点问题：
1.初态和末态构型需要优化，而不是只作一个单点
2.把优化好的始、末态结构发在同一文 ...

嗯，首先谢谢您的指点。之前我可能表述的不清楚，我是在优化好的始末态结构基础上进行单点能计算的。还有一些问题请教您，1，检查插入中间结构合理性时,使用nebavoid.pl指令，不太清楚怎样看是否符合限定原子间最小距离

，我进行了nebavoid.pl 1 操作后，出现了下面所示的情况：
The minimum distance between two atoms is 1 Angstrom.
working on 01...
Step No. 0
Step No. 1
fully relaxed after 2 (1: trivial) steps
working on 02...
Step No. 0
Step No. 1
Step No. 2
Step No. 3
fully relaxed after 4 (1: trivial) steps
2，力的收敛精度差了点，是EDIFFG和EDIFF两个参数设置都要调整吗？
3，因为体系中有Ce原子，在结构优化时对其进行了LDA+U参数设置，那进行CINEB搜索过渡态时是不是也要进行+U设置，保持一致？

作者
Author: hakuna 时间: 2019-4-19 18:03

小螃蟹发表于 2019-4-19 09:33
嗯，首先谢谢您的指点。之前我可能表述的不清楚，我是在优化好的始末态结构基础上进行单点能计算的。还有 ...

1.nebmake.pl插中间结构时是线性插值，有时会导致中间image中原子间距过短的情况，如果不处理，跑NEB时结构会乱掉。可以根据你的始、末态中原子间的距离关系，检查一下image里主要变化的原子间距大小，不要小于始、末态里对应原子间距（如果是成键过程，成键原子间距除外）。nebavoid.pl x 会把image里间距小于x的键拉长。
2.EDIFFG
3.带上这些参数没有错，但收敛可能会遇到些麻烦。

作者
Author: 小螃蟹 时间: 2019-4-19 20:33

hakuna 发表于 2019-4-19 18:03
1.nebmake.pl插中间结构时是线性插值，有时会导致中间image中原子间距过短的情况，如果不处理，跑NEB时结 ...

嗯呐，我知道了。再次谢谢您的指点

作者
Author: lsq0829 时间: 2019-4-24 09:55
老哥，知道这是个什么情况吗？提交的任务无法计算

作者
Author: 小螃蟹 时间: 2019-4-24 11:01

lsq0829 发表于 2019-4-24 09:55
老哥，知道这是个什么情况吗？提交的任务无法计算

你这是在已经生成中间过渡态后，提交作业出现的此种情况吗？如果是这种情况，你可以把脚本中改成并行节点运行，即你生成了几个中间体就并行几个节点试试。

作者
Author: lsq0829 时间: 2019-4-24 11:09
很感谢老哥的回复。我这已经生成中间过渡态了，提交计算时，无法正常计算。“你可以把脚本中改成并行节点运行，即你生成了几个中间体就并行几个节点试试”这是什么意思呀，我生成了5个中间态，这个任务该如何提交呢？

作者
Author: lsq0829 时间: 2019-4-24 11:14

小螃蟹发表于 2019-4-24 11:01
你这是在已经生成中间过渡态后，提交作业出现的此种情况吗？如果是这种情况，你可以把脚本中改成并行节点 ...

是我的INCAR设置问题吗

作者
Author: hakuna 时间: 2019-4-24 11:29

lsq0829 发表于 2019-4-24 11:14
是我的INCAR设置问题吗

1. EDIFF和EDIFFG错了，前者不可负，后者不可正
2.搜TS时电荷密度、波函数就别写了，基本没用，太占地方

再看一下你OUTCAR里有什么提示信息？

作者
Author: lsq0829 时间: 2019-4-24 11:36

hakuna 发表于 2019-4-24 11:29
1. EDIFF和EDIFFG错了，前者不可负，后者不可正
2.搜TS时电荷密度、波函数就别写了，基本没用，太占地方 ...

可以啦，应该就是EDIFF和EDIFFG的关系，优化结构时用的就是这个EDIFF和EDIFFG没有问题。现在做过渡态就不可以啦！谢谢老哥啦

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