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标题: 求助，关于NVT,NPT系综联用的问题 [打印本页]

作者
Author: 晴天 时间: 2019-4-16 23:08
标题: 求助，关于NVT,NPT系综联用的问题
各位老师及同学，大家好！有一个关于NVT,NPT系综联用的问题请教，
系统在 NVT 系综中退火至 700K，持续 500ps。然后在具有 Berendsen 恒温器和恒压器的 NPT 系综中进行 8ns 的平衡。使用 Nosé-Hoover 恒温器 42,43 和 Parrinello-Rahman barostat46 进行最终的 NPT
平衡 2ns。平衡后，使用与最终平衡相同的运行参数，每皮秒采样 4ns 的生产运行。像这样的运行该如何书写这块脚本内容呢，请各位大神不吝赐教。

作者
Author: delbert 时间: 2019-4-26 08:20
你这个问题根本需要看基本的教程http://ambermd.org/tutorials/
看懂后再看http://ringo.ams.sunysb.edu/inde ... rial_with_2nnq#RMSD
就可以差不多实现你的目的了

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