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标题: 求助：用GAFF跑完MD发现DME分子的结构不对劲，如何解决？ [打印本页]

作者
Author: yihanxu 时间: 2019-4-11 04:46
标题: 求助：用GAFF跑完MD发现DME分子的结构不对劲，如何解决？
老师好，大家好，我用GAFF跑完MD发现DME分子的结构不对劲，正常的结构应该是下图DFT算的那种吧，可是MD跑完后却是下图MD所示的结构。GAFF的参数是用antechamber+acpype.py自动生成的，自己算的RESP电荷，请问是这个过程出的问题吗？应该怎么解决呢？要自己改力场参数的话，到哪里去找正确的参数，DFT算的out文件里有哪个字段提供出了吗？谢谢。@sobereva
附件是把电荷改成RESP电荷之后的DME.itp和DFT优化的DME.out（加了隐式溶剂）

作者
Author: sobereva 时间: 2019-4-11 15:21
你MD跑的结果没什么硬性问题，本身C-O键就容易旋转。

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