计算化学公社

标题: 求助，有人模拟过较为复杂有机物吗？比如硬脂酸之类的 [打印本页]

作者
Author: 一舸归 时间: 2019-4-3 15:04
标题: 求助，有人模拟过较为复杂有机物吗？比如硬脂酸之类的
很疑惑，电荷和lj势能参数以及角、二面角只能从文献里找吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-4-3 16:04
电荷可以自己算。有机体系用于MD的电荷一般建议用RESP，看
RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/441（http://bbs.keinsci.com/thread-10880-1-1.html）

我不用lammps，参数如果没有内置的，肯定得去文献里找（GAFF、OPLS-AA、CGenFF等力场里的参数都能描述此体系），要么就自己拟合，然而对于这么普通的体系完全用不着自己拟合，又麻烦又容易被质疑可靠性

作者
Author: archer 时间: 2019-4-3 18:01
常见的结构网上能找到，实在找不到找一个相似的，改下结构拿去优化。

作者
Author: 一舸归 时间: 2019-6-20 23:19

sobereva 发表于 2019-4-3 16:04
电荷可以自己算。有机体系用于MD的电荷一般建议用RESP，看
RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计 ...

好的，谢谢

作者
Author: 一舸归 时间: 2019-6-20 23:20

archer 发表于 2019-4-3 18:01
常见的结构网上能找到，实在找不到找一个相似的，改下结构拿去优化。

改下结构去优化？应该怎么实现

作者
Author: sobereva 时间: 2019-6-21 02:01

一舸归发表于 2019-6-20 23:20
改下结构去优化？应该怎么实现

gview里对已有结构进行修改，再用Gaussian等程序优化

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