计算化学公社

标题: 用MS做MOF吸附CO2的吸附等温线 [打印本页]

作者
Author: 哈哈宝 时间: 2015-6-10 14:44
标题: 用MS做MOF吸附CO2的吸附等温线
各位老师，用MS做MOF吸附CO2的吸附等温线，我按说明书做例子成功绘制了等温线，但是导入自己的MOF结构后，加入CO2，run一会儿后，显示successfully complete。等温线图却是空白的，这是什么情况？还有，我之前用高斯，优化得到吸附位点，那么在MS中是否能直接把CO2放在那个吸附位点处，怎么放置？谢谢！图片中的CO2是复制粘贴后，自动选择的位置，我不会移动。

作者
Author: 卡开发发 时间: 2015-6-10 15:44
Sorption用的应该是Monte Carlo的方法，应该给出的是各个可能的吸附位及对应的几率，分子不能贴进去。

没用过这个模块，不过估计应该是在激活表面的xsd文件，然后再Sorption的选项卡中的Molcule下面选中分子的xsd文件及逸度。

大致应该是这样的思路，不妨试试。其余都是一些经典力场的问题了，这部分我就不怎么了解了。

作者
Author: 哈哈宝 时间: 2015-6-10 16:06

卡开发发发表于 2015-6-10 15:44
Sorption用的应该是Monte Carlo的方法，应该给出的是各个可能的吸附位及对应的几率，分子不能贴进去。

...

谢谢您，我按照手册给的例子，是做出了等温线的，但是换成自己的MOF的时候就变成空白了，我再研究一下。文献中给出的是巨正则蒙特卡洛，所以为了接近，我选择了sorption里面的MC方法

作者
Author: 哈哈宝 时间: 2015-6-11 11:02
追问一个问题：用MS的sorption模块做的吸附等温线的纵坐标是什么单位，怎么和实验中的吸附量做对应呢？
average loading （per cell）

作者
Author: youyno 时间: 2015-6-11 12:24
用高斯做的吸附位点是为了研究吸附强度，而用sorption做的吸附等温线是为了和实验上做的吸附等温线对比，后者反映的只是统计学的关系，两者不是一个概念。另外吸附等温线的单位是每个晶胞在这个压力（逸度）下吸附分子的个数，实验上做的吸附等温线的单位有很多种，比如cm3/g(每克吸附剂所吸附的吸附质的体积，吸附量=每个晶胞吸附的气体分子个数*1000*22.4/每个晶胞的摩尔质量)，另外要注意的是在高压下的吸附与实验值进行对比时需要注意绝对吸附量与超额吸附量的关系，直接模拟出来的吸附量是绝对吸附量，它要减去吸附剂的自由体积*该压力下气体的密度才是超额吸附量。
另外针对你的体系，可以看到你建的晶胞好像是非正交的，而且晶体比晶胞还大，没看见这样做的，而且从你算出的吸附等温线可以看出，吸附量全部零，但是你实验上测出来肯定是有吸附量的，很有可能使你的吸附模型建的不合理。

作者
Author: youyno 时间: 2015-6-11 12:31
从你模拟的压力可以看出，都是小于大气压的，这时通常是可以认为绝对吸附量就是超额吸附量。还有就是Sorption做吸附的效果并不好，参数设置并不灵活（比如说MOF含金属，而对金属有定义的力场只有UFF也就是MS中的Universe,其他力场对于金属釉定义的很少），优点在于分析方便，上手快等等，推荐使用MUSIC，TOWHEE等等，它们可以使用混合力场，计算效率也不错。

作者
Author: 卡开发发 时间: 2015-6-11 12:58

youyno 发表于 2015-6-11 12:24
用高斯做的吸附位点是为了研究吸附强度，而用sorption做的吸附等温线是为了和实验上做的吸附等温线对比 ...

他和这个不是因为晶体比晶胞大不合理，而是采用了对称性之后用了Original的模式显示的，我倒是不太确定非正交的晶格能不能做，不过LZ把分子贴进去应该是不对的（力场相关模拟方式我并不熟悉）。

作者
Author: youyno 时间: 2015-6-11 13:09
非正交晶系Sorption是可以做吸附等温线，我也做过，建立晶胞的目的是为了限定吸附分子的活动范围，Original的模式没有用过，是不是为了看出晶体的生长方向？

作者
Author: amani73986 时间: 2015-6-11 23:32
还是用music吧，方便的多，西北大学Snurr教授写的代码，给他发个邮件就能要到代码了。推荐你看看南京化工大学，我记得有个博士叫郭海超，他导师就做这个的，还有北京化工汪文川那个大组都做这个。sorption的使用者太少了....

作者
Author: alphawei 时间: 2017-2-4 03:52

youyno 发表于 2015-6-11 12:24
用高斯做的吸附位点是为了研究吸附强度，而用sorption做的吸附等温线是为了和实验上做的吸附等温线对比 ...

請教如果是水溶液的吸附，若簡化溶液為理想溶液，是否可能直接用兩種分子的mole fraction對應Fugacity(kPa)，計算溶劑和溶質的吸附曲線?

欢迎光临计算化学公社 (http://ccc.keinsci.com/)