计算化学公社

标题: Amber18计算的mdcrd打不开？ [打印本页]

作者
Author: hzamber 时间: 2019-3-21 00:01
标题: Amber18计算的mdcrd打不开？
使用Amber18重复社长帖子（使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索 http://bbs.keinsci.com/thread-577-1-1.html）中麻黄素分子构象搜索，直接下载拓扑文件EPH.prmtop和结构文件EPH.inpcrd，编辑了md1.in文件，执行如下命令
sander -O -i md1.in -o md1.out -p EPH.prmtop -c EPH.inpcrd -r md1.rst -x md1.mdcrd

生成的mdcrd使用more命令查看是乱码。

按帖子的方法由pdb文件生成拓扑文件和结构文件，再计算，生成的mdcrd使用more命令查看也是乱码。

在计算的.out文件中没有发现报错信息。

可能的原因是什么？

谢谢！

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2019-3-21 00:57
in文件中声明用ASCII版本的mdcrd，不用二进制的mdcrd

作者
Author: sobereva 时间: 2019-3-21 11:14
顺带一提，用gentor+molclus做构象搜索远比用MD+molclus省事得多得多

作者
Author: hzamber 时间: 2019-3-21 23:14

liyuanhe211 发表于 2019-3-21 00:57
in文件中声明用ASCII版本的mdcrd，不用二进制的mdcrd

谢谢！
版本之间in文件参数设置还是有点差别。

作者
Author: hzamber 时间: 2019-3-21 23:15

sobereva 发表于 2019-3-21 11:14
顺带一提，用gentor+molclus做构象搜索远比用MD+molclus省事得多得多

主要是希望考虑体系的周期性。

作者
Author: abdoman 时间: 2019-3-22 16:47
amber 18的输出应该默认是netCDF文件吧。
如果想看，ioutfm 关键词值得拥有。

作者
Author: hzamber 时间: 2019-3-22 18:22

abdoman 发表于 2019-3-22 16:47
amber 18的输出应该默认是netCDF文件吧。
如果想看，ioutfm 关键词值得拥有。

默认的是二进制的netCDF文件，使用ioutfm可以设置mdcrd, mdvel and inptraj文件输出格式。

谢谢参与讨论。

欢迎光临计算化学公社 (http://ccc.keinsci.com/)