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标题: gromacs创建十二面体溶剂盒子问题 [打印本页]

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Author: mjluan 时间: 2019-3-15 10:02
标题: gromacs创建十二面体溶剂盒子问题
请问各位老师，在创建一个菱形十二面体的溶剂盒子的时候，-box后的盒子边长是指的十二面体的棱长吗？

如果我想构建一个5nm半径的球形溶剂盒子，但是没有球形盒子的选项，就用了最接近的菱形十二面体盒子，那盒子的边长如何设置才能最接近5nm半径的球形盒子呢？

作者
Author: mjluan 时间: 2019-3-15 10:05
gmx editconf -f 1nHRC.gro -o 1HRC-PBC.gro -C -bt dodecahedron -box 10

作者
Author: sobereva 时间: 2019-3-15 10:07
注意求助帖必须在帖子标题明确体现出“提问”、“求助"，给你改了

注意看置顶的新社员必读贴了解正确的贴图方式，你1L的图没有正确贴上

作者
Author: mjluan 时间: 2019-3-15 15:15
本帖最后由 mjluan 于 2019-3-15 15:18 编辑

sobereva 发表于 2019-3-15 10:07
注意求助帖必须在帖子标题明确体现出“提问”、“求助"，给你改了

注意看置顶的新社员必读贴了解正确的 ...

不好意思老师，我以后一定注意，1L的图我打在了2L上，请问老师，关于我的问题，您有什么解决办法吗，谢谢老师！

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Author: jjssfan 时间: 2019-3-16 18:30
1球形不是没有周期性边界，所以没有球形，十二面体是最好的了
2 具体的怎么编辑细节
对一般的三斜盒子, -box的参数是三个实数, 为长方体的边长. 对于立方盒子, 菱形十二面体盒子或者截面八面体盒子, 选项-box只需要提供一个数值, 即盒子边长.
3 最接近我觉得是类似于高，5*2*61.2%
参考百度百科菱形十二面体是有12个全等的菱形构成的，它有24条棱,14个顶点，构成它的菱形的两条对角线之比为1：根号2。其对偶多面体为立方八面体·菱边长是十二面体高的61.2%，锐角是70.5度，钝角是109.5度

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