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标题: 求助：找到三乙胺盐酸晶体的cif文件后怎么得到top文件 [打印本页]

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Author: 万年流星 时间: 2019-3-11 15:57
标题: 求助：找到三乙胺盐酸晶体的cif文件后怎么得到top文件
要使用Gromacs模拟低聚物和三乙胺盐酸盐的吸附作用，现在已经找到了三乙胺盐酸盐晶体的cif文件，请问要怎么生成三乙胺盐酸盐的top文件？或者接下来要怎么做才能进行三乙胺盐酸盐的模拟？谢谢

作者
Author: sobereva 时间: 2019-3-11 16:22
从cif里把其中一个三乙胺盐酸盐的阳离子部分结构提取出来，用acpype处理之，把产生的拓扑信息引入到主top文件里，然后把ions.itp也引入到主top文件当，中用于描述Cl-部分。之后把cif弄成gro或pdb格式，把top里的其它部分特别是[molecules]部分恰当设定使之与结构文件里的记录顺序相符，然后就可以跑了

作者
Author: 万年流星 时间: 2019-3-11 16:36

sobereva 发表于 2019-3-11 16:22
从cif里把其中一个三乙胺盐酸盐的阳离子部分结构提取出来，用acpype处理之，把产生的拓扑信息引入到主top文 ...

请问sob老师，具体哪一部分是三乙胺盐酸盐要提取出来的离子部分呐？看不太懂cif文件，谢谢

作者
Author: sobereva 时间: 2019-3-11 16:51

万年流星发表于 2019-3-11 16:36
请问sob老师，具体哪一部分是三乙胺盐酸盐要提取出来的离子部分呐？看不太懂cif文件，谢谢

参考
基于分子晶体cif文件抠出分子团簇结构
https://www.bilibili.com/video/av35864488/

作者
Author: 万年流星 时间: 2019-3-11 16:56

sobereva 发表于 2019-3-11 16:51
参考
基于分子晶体cif文件抠出分子团簇结构
https://www.bilibili.com/video/av35864488/

好的，感谢sob老师

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