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标题: 求助gromacs模拟完成后的分析 [打印本页]

作者
Author: 少年爱吃地三鲜 时间: 2019-3-11 10:14
标题: 求助gromacs模拟完成后的分析
老师您好！！我是做玻璃化转变的，我想请问下，我是按照您之前的指导我直接用NPT 模拟先做10ns的模拟从500K到480K，我想请问我是在NPT里在500K时产生速度，;Simulated annealing annealing             = single
annealing-npoints    = 2
annealing-time       = 0 10000
annealing-temp       = 500 480

; Periodic boundary conditions
pbc                   = xyz    ; 3-D PBC
; Velocity generation
gen_vel                = yes    ; assign velocities from Maxwell distribution
gen_temp             = 500    ; temperature for Maxwell distribution
gen_seed             = -1       ; generate a random seed
我想请问：  得到的密度为啥是慢慢增长的？是因为需要计算吗？如果我想分析后5ns 的平均密度是应该自己编程分析吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-3-11 15:57
为什么要用gen_vel = yes ？难道想让第一步的速度直接就对应500K的情况？这样做会造成初始速度很大，让体系突然膨胀，这在原理上是不合理的。正确做法是先在500K平衡一段，然后再慢慢开始降温。
密度为什么慢慢增长，直接观看轨迹，并且让VMD画出盒子，很容易弄清楚原因。

作者
Author: 少年爱吃地三鲜 时间: 2019-3-11 21:23

sobereva 发表于 2019-3-11 15:57
为什么要用gen_vel = yes ？难道想让第一步的速度直接就对应500K的情况？这样做会造成初始速度很大，让体系 ...

老师，是我可以先做一个npt的mdp文件，让体系在500k的温度下跑一会，然后用续断点，跑500K到480K的模拟对吗？谢谢您！或者直接500 500 480 这样设置退火？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-3-12 05:15

少年爱吃地三鲜发表于 2019-3-11 21:23
老师，是我可以先做一个npt的mdp文件，让体系在500k的温度下跑一会，然后用续断点，跑500K到480K的模拟对 ...

500 500 480就可以
如果一开始都完全没有做过平衡过程，那最好是0 500 500 480。这样让一开始有个升温阶段，一下子从没有速度控温到500K容易不稳定

作者
Author: 少年爱吃地三鲜 时间: 2019-3-12 08:08

sobereva 发表于 2019-3-12 05:15
500 500 480就可以
如果一开始都完全没有做过平衡过程，那最好是0 500 500 480。这样让一开始有个升温阶 ...

我知道了非常感谢您！

作者
Author: 少年爱吃地三鲜 时间: 2019-3-12 21:03

sobereva 发表于 2019-3-12 05:15
500 500 480就可以
如果一开始都完全没有做过平衡过程，那最好是0 500 500 480。这样让一开始有个升温阶 ...

老师您好，我想请问一下，我做了10ns的模拟，我想求后5ns 的轨迹来求数据，我应该怎么拆分轨迹文件呢？用什么命令呢？感谢您！

作者
Author: sobereva 时间: 2019-3-13 04:06

少年爱吃地三鲜发表于 2019-3-12 21:03
老师您好，我想请问一下，我做了10ns的模拟，我想求后5ns 的轨迹来求数据，我应该怎么拆分轨迹文件呢？用 ...

gmx trjconv转换，里面用-b指定起始时间

作者
Author: 少年爱吃地三鲜 时间: 2019-3-13 08:17

sobereva 发表于 2019-3-13 04:06
gmx trjconv转换，里面用-b指定起始时间

谢谢老师！

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