计算化学公社

标题: 求助用Antechamber给苯环结构分配GAFF力场的问题 [打印本页]

作者
Author: 高朋满座 时间: 2019-3-3 19:57
标题: 求助用Antechamber给苯环结构分配GAFF力场的问题
请教各位老师，我用acpype.py工具给含苯分子的聚合物（gview 5.0创建的mol2文件）分配GAFF力场时，出现了下面的提示信息：

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| ACPYPE: AnteChamber PYthon Parser interfacE v. 0 0 Rev: 0 (c) 2019 AWSdS |
============================================================================
WARNING: no 'babel' executable, no PDB file as input can be used!
ACPYPE FAILED: [Errno 2] No such file or directory: 'tmp'
Total time of execution: less than a second

检查mol2文件发现苯分子的碳碳键键级书写成Ar
1 1 2 Ar
2 1 6 Ar
3 1 7 1
4 2 3 Ar
5 2 8 1
6 3 4 Ar
7 3 9 1
8 4 5 Ar
9 4 10 1
10 5 6 Ar
11 5 11 1
12 6 12 1

把Ar改成1.5仍然不起作用，但是改成单双建交替的格式，即键级1和2交替就可以正常运行，请问修改键级对后续用Gromacs模拟结果有很大影响吗，是否还有其他更好的处理方法，谢谢大家！

作者
Author: ArchieMiao 时间: 2019-3-3 23:30
no 'babel' executable，感觉是没有'babel'，这个程序

作者
Author: sobereva 时间: 2019-3-3 23:43
那个warning不用管。
对于基于较新的ambertools里的antechamber，碰到带有芳香环的体系，必须手动把gview产生的.mol2文件里的Ar改成ar，否则不认。这是因为gview的.mol2不规矩

作者
Author: 高朋满座 时间: 2019-3-4 04:06

sobereva 发表于 2019-3-3 23:43
那个warning不用管。
对于基于较新的ambertools里的antechamber，碰到带有芳香环的体系，必须手动把gview ...

非常感谢卢老师的回答，按照您提供的方法很快做成功了。再追问一个问题，我接下来用Multiwfn计算邻苯二甲酸二乙酯分子的RESP电荷用于纯相盒子MD模拟，Gaussian的输入关键词是否需要加入溶剂效应？记得您GMX培训班讲解乙醇盒子模拟时，计算RESP电荷时加入了溶剂化效应，后面再学习时没想清楚是什么原因。只模拟液态邻苯二甲酸二乙酯纯相的性质，是不是不需要写溶剂关键词了。再次感谢卢老师指点！

作者
Author: sobereva 时间: 2019-3-4 06:07

高朋满座发表于 2019-3-4 04:06
非常感谢卢老师的回答，按照您提供的方法很快做成功了。再追问一个问题，我接下来用Multiwfn计算邻苯二甲 ...

Gaussian计算的时候需要加上隐式溶剂模型。这样产生的fch文件里的波函数才是被溶剂环境极化了的，用这样的fch文件通过Multiwfn照常计算出的RESP电荷就体现了被溶剂的极化效果。就算你只是模拟纯相，如果追求严格的话，最好也在Gaussian计算时将溶剂模型设定成对应你模拟的物质（如果不是自带的溶剂，通过介电常数直接定义）。

作者
Author: 高朋满座 时间: 2019-3-4 09:55

sobereva 发表于 2019-3-4 06:07
Gaussian计算的时候需要加上隐式溶剂模型。这样产生的fch文件里的波函数才是被溶剂环境极化了的，用这样 ...

了解了，谢谢卢老师！

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