计算化学公社

标题: 请教：如何确定一个蛋白质的活性中心？ [打印本页]

作者
Author: 李德贤 时间: 2019-2-9 16:09
标题: 请教：如何确定一个蛋白质的活性中心？
我想用一个蛋白质和小分子化合物进行对接（大概是用Autodock），但目前没有它活性中心的相关文献记录，想请问大家有什么方法（实验或者是软件）可以找到它的活性中心。还想问下Autodock 4.2 和Autodock vina，哪个更适合我目前的情况？

谢谢大家

作者
Author: 霜晨月 时间: 2019-2-9 17:52
1. 文献（没有文献记录的可能性较小，也许是你没有仔细调研）
2. 如果确实没有文献，可以查找蛋白表面的cavity，很多软件都可以做，当然，目测更简单一些
3. Autodock可以做blind docking，就是把grid设得很大，覆盖整个蛋白，这样就不用设定活性位点了
4. Autodock vina更简单方便一些，如果是单个配体的话，Autodock也不是很麻烦

作者
Author: Chenglong_li 时间: 2019-2-10 09:15
1 首先需要通过试验的手段确定小分子是可以和蛋白结合的
2 最后需要通过突变的方法确定小分子是和这些关键氨基酸相互作用的

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