计算化学公社

标题: 新手关于gromacs的几个问题,请教高手 [打印本页]

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lastzealot    时间: 2019-2-1 10:41
标题: 新手关于gromacs的几个问题,请教高手
才安装了gmx,不是很了解这个软件,只是知道很多人都在用,也是sob老师比较推荐的动力学软件。
有几个问题想咨询一下
1 都说这个软件适合模拟生物分子,请问是否适合重金属离子在水或有机溶剂中的配位
2 我没看到安装后有什么test,请问应该去哪里找input的例子?谁能给个链接?

谢谢大家

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mol    时间: 2019-2-1 17:33
搜索gmx tutorial即可,配位可以,但是成键模拟不出来
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sobereva    时间: 2019-2-1 17:47
1 gmx模拟过程中不能涉及键的形成和断裂。如果你一开始用水合离子进行模拟,那么模拟过程中成键状态也会一直保持。如果你想希望出现配位键形成和断裂现象,那一般得跑从头算动力学。

2 注意,gmx更新频率很高,很多选项经常变,网上五花八门的gromacs教程没有几个适合当前最新版本(也就Justin的教程更新得勤快以迎合最新版本)
如果你就是想跑个最简单的任务,可以用我培训班里的这个
(, 下载次数 Times of downloads: 53)
(, 下载次数 Times of downloads: 45)

PS:在北京科音分子动力学与GROMACS培训班中会给出好几十个模拟体系的例子,详见http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html



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lastzealot    时间: 2019-2-1 20:09
本帖最后由 lastzealot 于 2019-2-1 20:14 编辑
sobereva 发表于 2019-2-1 17:47
1 gmx模拟过程中不能涉及键的形成和断裂。如果你一开始用水合离子进行模拟,那么模拟过程中成键状态也会一 ...

谢谢老师,我只是想模拟配位成键情况。
从文着里可以看到cp2k可以模拟成键(比如熔盐中Th和卤素离子的距离在成键范围内),但是cp2k太难编译,而且输入文件太复杂,就放弃了。不知道gmx是否也可以模拟类似的配位情况,仅仅通过径向分布函数获得原子之间距离,继而获得成键信息。
谢谢老师,新手求教。ps文献里用cp2k也只用了md部分,并没有用第一性原理动力学

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lastzealot    时间: 2019-2-1 20:40
sobereva 发表于 2019-2-1 17:47
1 gmx模拟过程中不能涉及键的形成和断裂。如果你一开始用水合离子进行模拟,那么模拟过程中成键状态也会一 ...

比如,把金属阳离子和具有不同配位基团的螯合配体放在盒子里,能否从径向分布函数得到金属离子与哪个配位基团更易结合
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sobereva    时间: 2019-2-2 05:31
lastzealot 发表于 2019-2-1 20:09
谢谢老师,我只是想模拟配位成键情况。
从文着里可以看到cp2k可以模拟成键(比如熔盐中Th和卤素离子的距 ...

gmx不能

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lastzealot    时间: 2019-2-2 19:48
sobereva 发表于 2019-2-2 05:31
gmx不能

谢谢老师
请问哪个动力学软件可以模拟配位啊
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ene    时间: 2019-2-2 21:49
lastzealot 发表于 2019-2-2 19:48
谢谢老师
请问哪个动力学软件可以模拟配位啊

CP2K不难编译,4.1之后有了工具链,编译库和本体都是全自动的,两个个命令就搞定了
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sobereva    时间: 2019-2-3 07:31
lastzealot 发表于 2019-2-2 19:48
谢谢老师
请问哪个动力学软件可以模拟配位啊

如果当周期性体系研究,CP2K、VASP、QE等等能支持动力学的第一性原理程序都可以
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lastzealot    时间: 2019-2-3 11:02
sobereva 发表于 2019-2-3 07:31
如果当周期性体系研究,CP2K、VASP、QE等等能支持动力学的第一性原理程序都可以

谢谢老师




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