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标题: 动力学模拟中非周期性边界条件该如何设置参数？ [打印本页]

作者
Author: 晴天 时间: 2019-1-30 11:22
标题: 动力学模拟中非周期性边界条件该如何设置参数？
请问老师，动力学模拟中非周期性边界条件该如何设置参数？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-1-30 15:48
注意求助帖必须在帖子标题明确体现出“提问”、“求助”及具体内容（见http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html），我已把你的标题“非周期性边界条件”改了，望以后注意

作者
Author: sobereva 时间: 2019-1-30 15:49
你这个问题太不确切
得说清楚什么体系，算什么问题，你要问的是哪些参数的设定

作者
Author: 晴天 时间: 2019-2-25 09:31

sobereva 发表于 2019-1-30 15:49
你这个问题太不确切
得说清楚什么体系，算什么问题，你要问的是哪些参数的设定

老师，我计算的是CO2在离子液体中溶解度考察，我之前跑其他体系动力学在能量最小化中用的都是pbc=xyz ; Periodic Boundary Conditions。但我看的文献中用的是非周期性边界条件，我想问一下参数该怎么写？恳请老师指导一下。

作者
Author: sobereva 时间: 2019-2-25 13:28

晴天发表于 2019-2-25 09:31
老师，我计算的是CO2在离子液体中溶解度考察，我之前跑其他体系动力学在能量最小化中用的都是pbc=xyz ; P ...

看具体怎么建立模型，当前问题恰当建模在PBC下模拟完全可以。
不用PBC才显得莫名其妙，CO2可能都自发跑到无穷远去了，根本都没法考察溶解

作者
Author: 晴天 时间: 2019-2-25 22:00

sobereva 发表于 2019-2-25 13:28
看具体怎么建立模型，当前问题恰当建模在PBC下模拟完全可以。
不用PBC才显得莫名其妙，CO2可能都自发跑 ...

老师，周期性边界条件pbc处写xyz,若是非周期性边界条件应该怎么写呢？我是这里不会。

作者
Author: sobereva 时间: 2019-2-26 00:36

晴天发表于 2019-2-25 22:00
老师，周期性边界条件pbc处写xyz,若是非周期性边界条件应该怎么写呢？我是这里不会。

pbc = no

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Author: 晴天 时间: 2019-2-26 08:14

sobereva 发表于 2019-2-26 00:36
pbc = no

谢谢老师，哈哈。

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