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标题: 求助：用sleap生成AMBER参数文件的问题 [打印本页]

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Author: naoki 时间: 2019-1-21 20:40
标题: 求助：用sleap生成AMBER参数文件的问题
本帖最后由 naoki 于 2019-1-21 20:43 编辑

各位好，我想请教一个问题。我想在win下练习用GROMACS对BmimBF4这种离子液体做动力学模拟。为了做拓扑文件，我先用Gaussian分别获取阴、阳离子的RESP电荷，再用antechamebr拟合RESP电荷，咪唑阳离子没有问题，但amber识别不了阴离子中的硼，我手动修改添加了输出的mol2文件成键信息（红字），如下：

@<TRIPOS>MOLECULE
MOL
5    4    1    0    0
SMALL
resp

@<TRIPOS>ATOM
   1 B1       0.0000 0.0000 0.0000 b       1 MOL    1.130831
   2 F1       0.8180 0.8180 0.8180 f       1 MOL    -0.532708
   3 F2       -0.8180 -0.8180 0.8180 f       1 MOL    -0.532708
   4 F3       -0.8180 0.8180 -0.8180 f       1 MOL    -0.532708
   5 F4       0.8180 -0.8180 -0.8180 f       1 MOL    -0.532708
@<TRIPOS>BOND    1 1 2 1       2 1 3 1       3 1 4 1       4 1 5 1@<TRIPOS>SUBSTRUCTURE
   1 MOL       1 TEMP             0 ****  **** 0 ROOT

然后用parmchk2检查GAFF参数，此时BF4离子用parmchk2就报错，换成parmchk没报错。接下来使用sleap生成AMBER参数文件时出错，最后报错部分显示如下：
gaff = loadamberparams gaff.dat
[gtkleap]$ loadamberparams BF4.frcmod
[gtkleap]$ lig=loadmol2 BF4.mol2
assertion "value == absid()+1" failed: file "morf.cpp", line 181, function: void mort::morf_t::set_i(const hashid_t&, const int&)
   0 [main] sleap 68664 cygwin_exception::open_stackdumpfile: Dumping stack trace to sleap.exe.stackdump

我该怎么解决这个问题呢

作者
Author: sobereva 时间: 2019-1-21 21:15
本身GAFF就不支持硼，也没有定义硼的范德华参数，就算这步过去，也没有意义

Gaussian没法产生RESP电荷，对于Antechamber而言Gaussian只不过给出MK拟合点上的静电势数值而已。Gaussian结合Multiwfn等程序时才能产生RESP电荷，见《RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算》（http://sobereva.com/441）。

作者
Author: naoki 时间: 2019-1-21 21:31

sobereva 发表于 2019-1-21 21:15
本身GAFF就不支持硼，也没有定义硼的范德华参数，就算这步过去，也没有意义

Gaussian没法产生RESP电荷， ...

Sob老师，谢谢您的回复！我去研究一下下Multiwfn。
老师如果我想对BmimBF4做动力学模拟，是不是换个有硼的力场获取拓扑文件呢？我之前看了您《几种生成有机分子GROMACS拓扑文件的工具》一文，选了第一种做法，现在不知道怎么选了

…对于离子液体这个体系您能推荐一下力场和获取拓扑文件的方法吗，非常感谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2019-1-21 21:46

naoki 发表于 2019-1-21 21:31
Sob老师，谢谢您的回复！我去研究一下下Multiwfn。
老师如果我想对BmimBF4做动力学模拟，是不是换个有硼 ...

可考虑用UFF的硼的范德华参数来凑合，这里用到了这种做法
使用Multiwfn做基于分子力场的能量分解分析
http://sobereva.com/442（http://bbs.keinsci.com/thread-10907-1-1.html）

或者去搜离子液体模拟的文章，看涉及BF4-的模拟文章的参数都哪来的

作者
Author: naoki 时间: 2019-1-23 16:21

sobereva 发表于 2019-1-21 21:46
可考虑用UFF的硼的范德华参数来凑合，这里用到了这种做法
使用Multiwfn做基于分子力场的能量分解分析
h ...

谢谢Sob老师，我去研究一下这种做法。

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