计算化学公社

标题: 冷适应酶不同温度下模拟，RMSD不变，和其它文章的结果迥异，求助 [打印本页]

作者
Author: 难破船 时间: 2018-12-28 17:15
标题: 冷适应酶不同温度下模拟，RMSD不变，和其它文章的结果迥异，求助
本帖最后由难破船于 2018-12-28 17:15 编辑

1）一个很保守的酶，都来源于软体动物，350个氨基酸；海南最耐热的物种和南极物种，序列相似度65%；
2）室内实验测活性等指标，均与物种的耐热性呈线性关系，即物种越耐热，酶越耐热；
3）用已知的晶体结构预测出结构（序列相似性~80%），用于NAMD模拟，水盒子大小约为蛋白质的两倍；
3-1）不同温度下模拟，除了南极物种，其它ΔRMSD均与耐热性呈线性关系，即越耐热的物种，升温对RMSD的影响越小，
3-2）南极物种的无论在哪个温度下，RMSD几乎都没有变化，单体和二聚体的模拟都做了，并且做了两个南极种，结果一样（图1，仅列举其一南极种）；
4）看了别人的结果，一般而言，冷适应物种的RMSD，也是随着温度升高而变大，图2为其中一篇文章，是某南极生物的另一种酶的模拟。

谁能给我一些建议吗，冷适应物种的模拟，可以在哪些方面进行改进。先谢谢。

图1：
从上到下，物种耐热性降低，最底下为南极种，0C基本等于其原位环境温度，但15和42C的模拟，RMSD几乎不变。

(, 下载次数 Times of downloads: 32)

图2：别人文章的结果，0和5C时，RMSD基本不变，但温度升高，RMSD激增。
(, 下载次数 Times of downloads: 20)

作者
Author: huangjing 时间: 2018-12-29 12:02
RMSD是一个非常粗糙的度量，从2A到2.5A只说明有一些局部的结构扰动，除非大到6A以上说明蛋白整体结构开始解离了，而你所有的模拟都没看到这一现象。如果要和酶活去做相关，建议分析active site/pocket部分的RMSD。

欢迎光临计算化学公社 (http://ccc.keinsci.com/)