计算化学公社

标题: Vasp算过渡态正常收敛的结果文件是什么样子？ [打印本页]

作者
Author: chenxiankai 时间: 2018-12-28 00:18
标题: Vasp算过渡态正常收敛的结果文件是什么样子？
本帖最后由 chenxiankai 于 2018-12-28 01:36 编辑

最近用vasp CI-NEB 算C-C 耦合过渡态算了好久能量变化一直不变一点都没变就这样一直算下去么啊？想知道什么样是完成一个过渡态寻找的正常结果文件？希望好心人的指导

非常感谢

(, 下载次数 Times of downloads: 43) (, 下载次数 Times of downloads: 42)

作者
Author: 夜夜衣 时间: 2019-1-8 16:29
你的CI-neb都没有编译成功吧，不然用neb.ef输出第二列应该是有原子受力的值得，你的全是0

作者
Author: 夜夜衣 时间: 2019-1-8 16:30

夜夜衣发表于 2019-1-8 16:29
你的CI-neb都没有编译成功吧，不然用neb.ef输出第二列应该是有原子受力的值得，你的全是0

或者你的CI-NEB编译成功了，但是提交任务的脚本还是用的旧的，这样也掉用不了新编译了CI-NEB的vasp

作者
Author: archer 时间: 2019-1-8 19:43
看任意一个文件夹的OSIZCAR，如果迭代步数等于你设置的最大步数，肯定没收敛。选取能量最大值的CONTCAR，验证频率，检查是否找到过渡态。

作者
Author: chenxiankai 时间: 2019-1-11 23:29

夜夜衣发表于 2019-1-8 16:29
你的CI-neb都没有编译成功吧，不然用neb.ef输出第二列应该是有原子受力的值得，你的全是0

非常感谢你的回复

你是对的我的脚本里没有调用vasp-vtst 我找了一下vasp-vtst所在的路径加入了脚本中的倒数第二行，麻烦帮我看一下我的脚本调用的对不对多谢！
#PBS -e vasp.err
#PBS -M dandan.zhang@chemistry.gatech.edu
#PBS -l select=ncpus=1024
#PBS -l walltime=10:00:00
#PBS -N
#PBS -l job_type=MPI
cd $HOME/

cp INCAR KPOINTS POSCAR POTCAR $WORKDIR/

cd $WORKDIR/

# Specifies version and number of processors for vasp wrapper script
setenv VASP_NPROCS 1024

#source $MODULESHOME/init/sh
module use /app/restricted/VASP/modulefiles
module load /app/restricted/VASP/modulefiles/VASP/5.5.3

/app/restricted/VASP/bin/vasp-vtst

cp * $HOME/VASP/Hong/Br_i/CI-3

作者
Author: chenxiankai 时间: 2019-1-11 23:33

archer 发表于 2019-1-8 19:43
看任意一个文件夹的OSIZCAR，如果迭代步数等于你设置的最大步数，肯定没收敛。选取能量最大值的CONTCAR，验 ...

非常感谢你的回复

验证频率要怎么验证呢是用这个CONTCAR做POSCAR 之后再INCAR中改关键字就行了么啊另外我的体系体积比较大有一百多个金属原子的表面算频率是不是会非常耗时第一次做什么都不懂还请多多指教！

作者
Author: 夜夜衣 时间: 2019-1-17 16:53

chenxiankai 发表于 2019-1-11 23:29
非常感谢你的回复你是对的我的脚本里没有调用vasp-vtst 我找了一下vasp-vtst所在的路径加入 ...

脚本这个不太会，得找专业人士，验证频率就对能量最高的image中对应的CONTAR，进行频率计算，如果只有唯一一个大虚频，构型也看着像过渡态就可以认为是过渡态了。复杂的过渡态，建议IOPT= 7 不会有太大的震荡 ediffg=-0.05甚至-0.1，等收敛了再算频率

作者
Author: granvia 时间: 2019-1-17 17:47

夜夜衣发表于 2019-1-17 16:53
脚本这个不太会，得找专业人士，验证频率就对能量最高的image中对应的CONTAR，进行频率计算，如果只有唯 ...

这个力收敛的精度有些太粗糙了吧？

作者
Author: 夜夜衣 时间: 2019-1-17 19:06

granvia 发表于 2019-1-17 17:47
这个力收敛的精度有些太粗糙了吧？

简单的没必要这么粗糙，但是如果neb计算保持和优化的收敛力一样的话，比如-0.02，几百步都不会收敛，太浪费时间了，我的经验是在最高的能量最高的像点的原子受力在0.05左右就停止计算了，拿出来算频率，基本就只有一个大虚频，如果还有个稍大点的在100cm-1以下我也就不考虑了，看看震动模式，符合我的预期基本就确定了，还有更大的超过100cm-1我就会考虑用dimer继续算，这样节省资源，他的这个体系大全是金属原子，力收敛设置的太精确基本不会收敛的，不过按这个哥们以前的回答是个土豪 NEB用上千个节点算的，我的担心多余了。

作者
Author: granvia 时间: 2019-1-17 19:14

夜夜衣发表于 2019-1-17 19:06
简单的没必要这么粗糙，但是如果neb计算保持和优化的收敛力一样的话，比如-0.02，几百步都不会收敛，太浪 ...

理解。就更甭提用IRC确定反应路径了吧。很多第一性原理算的反应能发很牛的杂志，但里面的模拟结果我一般都不太信。

欢迎光临计算化学公社 (http://ccc.keinsci.com/)