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标题: 请教模拟过程中切换温度和压强耦合问题 [打印本页]

作者
Author: husl 时间: 2018-12-26 23:13
标题: 请教模拟过程中切换温度和压强耦合问题
大家好，我是gromacs的新手，最近接到任务要做离子液体的模拟。
我模仿文档用GROMACS计算粘度
学习计算400对[C2mim][NTf2]的模拟
能量最小化之后，先用tcoupl = v-rescale, pcoupl = berendsen，步长2fs跑了50个ns的平衡，得到能量，温度，压强等随时间变化如下
能量1：
(, 下载次数 Times of downloads: 35)
温度1（最后的下降只是画图时数据处理的问题，实际温度还在300K左右）：
(, 下载次数 Times of downloads: 37)
压强1：
(, 下载次数 Times of downloads: 30)
随后用这一步的gro和cpt，切换tcoupl = nose-hoover, pcoupl = Parrinello-Rahman，步长1fs，体系很快blow up，搜索说一般是体系不够平衡，
但是把nstlist改成=10，尝试跑了100ps，没有报错，但是能量上升很多，涨落也很大，温度变化较小，压强的涨落也变得很大，如下：
能量2：
(, 下载次数 Times of downloads: 44)
温度2（同上，最后的下降只是画图时数据处理的问题）：
(, 下载次数 Times of downloads: 38)
压强2：
(, 下载次数 Times of downloads: 30)
请教；
1，如果第一步的平衡跑的不够好，如何改进？
2，虽然手册有提到Parrinello-Rahman的涨落较大，但是涨落这么大是否还是比较不正常？第二步跑了一小段时间之后的能量上涨是什么原因，如何改进？
谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2018-12-27 06:16
根本没必要切换压浴和热浴

作者
Author: husl 时间: 2018-12-27 11:28

sobereva 发表于 2018-12-27 06:16
根本没必要切换压浴和热浴

1，这个回复并不回答问题。
2，一般教程说切换压浴和热浴是为了得到正确的系综，如果确实需要取样，而不只是平衡，以上的问题可以怎么解决？
谢谢！

作者
Author: ulosggs 时间: 2018-12-27 12:07
问题出在第一步，“先用tcoupl = v-rescale, pcoupl = berendsen，步长2fs跑了50个ns的平衡”
v-rescale 和 berendsen 的组合得不到正确的系综，跑50ns也没用。2fs 步长问题更严重。再切换到 parrinello-rahman 之后几乎肯定blow up。
推荐先用 Langevin 控温（integrator=sd, tcoupl=no，1fs）和berendsen快速达到平衡，再切换到 nose-hoover 和 parrinello-rahman 1fs 采样。

作者
Author: husl 时间: 2018-12-27 22:43

ulosggs 发表于 2018-12-27 12:07
问题出在第一步，“先用tcoupl = v-rescale, pcoupl = berendsen，步长2fs跑了50个ns的平衡”
v-rescale ...

好的，谢谢！
我试一下。

作者
Author: sobereva 时间: 2018-12-28 01:05

husl 发表于 2018-12-27 11:28
1，这个回复并不回答问题。
2，一般教程说切换压浴和热浴是为了得到正确的系综，如果确实需要取样，而不 ...

什么叫“并不回答问题”？不回答你的问题我干嘛回复？原先模拟得明明好好的，不做切换，哪来的问题？
v-rescale热浴和berendsen压浴对于算这个完全没问题，切换根本就没绝对的必要。V-rescale是很良好的热浴，可以得到正确的系综，仔细看其原文，无论是用于平衡相还是产生相都很适合，而Nose-Hoover在原理上还有非遍历性的缺陷。对于较大的体系，Berendsen压浴在实际计算中的问题很不明显，其理论上的问题被很多人夸大了，而PR压浴本身则有震荡倾向问题。别以为v-rescale热浴和berendsen压浴只能在平衡相过程中使用！网上有很多教程具有误导性，初学者别什么都信！PS：用2fs模拟离子液体的文章比比皆是。

作者
Author: husl 时间: 2018-12-28 15:22

sobereva 发表于 2018-12-28 01:05
什么叫“并不回答问题”？不回答你的问题我干嘛回复？原先模拟得明明好好的，不做切换，哪来的问题？
v- ...

谢谢，我试一试，也看一看文章。
ps：我的理解你的第一个回复实际是“消除“这个问题。

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