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标题: 求助GROMACS模拟退火的问题 [打印本页]

作者
Author: 少年爱吃地三鲜 时间: 2018-12-24 09:54
标题: 求助GROMACS模拟退火的问题
这是我写的在NPT系综下的MDP文件，麻烦各位老师了。要求：在NPT条件下，对体系进行一个梯度降温（降温速率为2*10e9K/s），从500K到240k，间隔20K，压强为一个大气压，温度压强为Nose-Hoover (耦合常数0.2ps)和Parrinello-Rahman(耦合常数1.0ps)，阶段半径1.0nm，处理1-4相互作用采用减半的LJ势。进行了长程修正。积分牛顿方程用蛙跳算法，积分步长为1fs。
title                = OPLS PS NPT equilibration
; Run parameters
integrator             = md       ; leap-frog integrator
nsteps                = 280000000    ; 1 * 280000000 = 280000 ps
dt                   = 0.001    ; 1 fs
; Output control
nstxout                = 10000    ; save coordinates every 10 ps
nstvout                = 10000    ; save velocities every 10 ps
nstenergy             = 10000    ; save energies every 10 ps
nstlog                = 10000    ; update log file every 10 ps
; Bond parameters
continuation          = yes    ; Restarting after NVT
constraint_algorithm = lincs    ; holonomic constraints
constraints          = h-bonds ; bonds involving H are constrained
lincs_iter             = 1       ; accuracy of LINCS
lincs_order          = 4       ; also related to accuracy
; Nonbonded settings
cutoff-scheme          = Verlet ; Buffered neighbor searching
ns_type                = grid    ; search neighboring grid cells
nstlist                = 10       ; 20 fs, largely irrelevant with Verlet scheme
rcoulomb             = 1.0    ; short-range electrostatic cutoff (in nm)
rvdw                   = 1.0    ; short-range van der Waals cutoff (in nm)
DispCorr             = EnerPres  ; account for cut-off vdW scheme
; Electrostatics
coulombtype          = PME    ; Particle Mesh Ewald for long-range electrostatics
pme_order             = 4       ; cubic interpolation
fourierspacing       = 0.16    ; grid spacing for FFT
; Temperature coupling is on
tcoupl                = Nose-Hoover          ; modified Berendsen thermostat
tc-grps                = PS ; two coupling groups - more accurate
tau_t                = 0.2             ; time constant, in ps
ref_t                = 500             ; reference temperature, one for each group, in K
; Pressure coupling is on
pcoupl                = Parrinello-Rahman    ; Pressure coupling on in NPT
pcoupltype             = isotropic          ; uniform scaling of box vectors
tau_p                = 1.0                ; time constant, in ps
ref_p                = 1.0                ; reference pressure, in bar
compressibility       = 4.5e-5             ; isothermal compressibility of water, bar^-1
refcoord_scaling       = com
;Simulated annealing
annealing             = single
annealing-npoints    = 28
annealing-time       = 0 10000 20000 30000 40000 50000 60000 70000 80000 90000 100000 110000 120000 130000 140000 150000 160000 170000 180000 190000 200000 210000 220000 230000 240000 250000 260000 270000 280000
annealing-temp       = 500 500 480 480 460 460 440 440 420 420 400 400 380 380 360 360 340 340 320 320 300 300 280 280 260 260 240 240

; Periodic boundary conditions
pbc                   = xyz    ; 3-D PBC
; Velocity generation
gen_vel                = no       ; Velocity generation is off

作者
Author: sobereva 时间: 2018-12-24 10:28
连具体问题都没说
变温过程不适合Nose-Hoover热浴，温度变化容易有震荡倾向。用v-rescale

作者
Author: 少年爱吃地三鲜 时间: 2018-12-24 11:24

sobereva 发表于 2018-12-24 10:28
连具体问题都没说
变温过程不适合Nose-Hoover热浴，温度变化容易有震荡倾向。用v-rescale

非常感谢sob老师的回复，老师，是这样的我写的mdp文件上面的要求是文献中的内容，我是做聚苯乙烯的玻璃化转变温度，接下来是我个人的理解，我认为体系先在NVT系综下进行松弛得到一个好的初始结构，然后再放入NPT系综下进行一个梯度降温的过程，从而进行数据分析得到比体积和温度的信息测量出玻璃化转变温度，就是没有正式MD步骤，通过两个系综得到数据。目前问题有：1. 既然我有了annealing模块，温度耦合模块中的ref-p有什么作用？2. 之前看到说体系的压缩系数主要是影响快慢，我这样写是否合理（因为文献中没提这些东西，）？3.我写的模拟步数是根据退火时间计算的，退火时间多长我就一一对应多少步。想知道两者有没有什么联系。下次提问这些问题我会改正！

作者
Author: sobereva 时间: 2018-12-25 00:51
直接上NPT就完了，NVT没必要。
ref-p是控制压浴，不是控制热浴的。你用了退火设定之后，ref-t就没用了。
我不知道你说的快慢指什么。可压缩系数和这个词没有直接联系
最后一个问题看不懂。如果是指整个退火模拟需要做多少步，总模拟长度就设多少步，这是正确的。

作者
Author: 少年爱吃地三鲜 时间: 2018-12-25 08:43

sobereva 发表于 2018-12-25 00:51
直接上NPT就完了，NVT没必要。
ref-p是控制压浴，不是控制热浴的。你用了退火设定之后，ref-t就没用了。
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我懂了老师，非常感谢您的细心回答！

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