计算化学公社

标题: QMMM计算酶催化的问题 [打印本页]

作者
Author: 16aDream 时间: 2018-12-21 16:34
标题: QMMM计算酶催化的问题
  刚开始接触qmmm，有几个问题高不清楚向请教一下。
  目前做的体系催化机制是水分子的H被附近蛋白质残基的N吸引，变成氢氧根离子然后进攻。正在用amber跑qmmm之前的MD,但是跑完之后该用以下那种方法不清楚 1. 直接用QMMM MD不加任何限制 2. 用伞形抽样限制反应坐标看反应曲线。第二种方法应该能看出反应机理，但是因为这种反应应该是自发进行的，那么第一种方法是否也能得到水的解离？
  还有个问题，跑QMMM之前，需要把MD得到的结构拿到gaussian优化然后再qmmm么。

作者
Author: fhh2626 时间: 2018-12-21 16:59
不能，显然要用重要性采样方法

不需要

作者
Author: 16aDream 时间: 2018-12-21 19:49

fhh2626 发表于 2018-12-21 16:59
不能，显然要用重要性采样方法

不需要

谢谢回复，还有个问题我看文献中计算反应路径用了blue-moon ，QSM，RCD等方法，这些方法使用amber自带的程序实现的么？还是自己写脚本

作者
Author: fhh2626 时间: 2018-12-21 22:30

16aDream 发表于 2018-12-21 19:49
谢谢回复，还有个问题我看文献中计算反应路径用了blue-moon ，QSM，RCD等方法，这些方法使用amber自带的 ...

QSM和RCD没听说过

bluemoon sampling是一种早就过时了的重要性采样方法，没有任何再去使用的理由。Amber主程序里面实现了一个metadynamics的变种，叫ABMD，伞状采样或者ABF或者更强大的MtD支持可以用sander+plumed实现

作者
Author: 霜晨月 时间: 2018-12-22 13:22

fhh2626 发表于 2018-12-21 16:59
不能，显然要用重要性采样方法

不需要

借楼主的帖子请教个问题

“直接用QMMM MD不加任何限制” 行不通，是不是因为这个反应（水分子的H被附近蛋白质残基的N吸引，变成氢氧根离子然后进攻）活化能高，cMD很难采集到？
还是说QMMM计算酶催化反应历程都需要重要性采样？

作者
Author: fhh2626 时间: 2018-12-22 15:55

霜晨月发表于 2018-12-22 13:22
借楼主的帖子请教个问题

“直接用QMMM MD不加任何限制” 行不通，是不是因为这个反应（水分子的H被附 ...

是的，QM/MM所能涉及到的时间尺度不过是几十ns，在这个时间尺度能研究的反应过程极为有限

作者
Author: 霜晨月 时间: 2018-12-23 11:32

fhh2626 发表于 2018-12-22 15:55
是的，QM/MM所能涉及到的时间尺度不过是几十ns，在这个时间尺度能研究的反应过程极为有限

再请教一个问题：如果用Amber里面的半经验做QM/MM，不联用Gaussian这些量化软件，您觉得可靠吗？

其实，如果xtb的速度再快一些，我很想直接用xtb跑整个酶

作者
Author: fhh2626 时间: 2018-12-24 10:12

霜晨月发表于 2018-12-23 11:32
再请教一个问题：如果用Amber里面的半经验做QM/MM，不联用Gaussian这些量化软件，您觉得可靠吗？

其实 ...

AMBER好像支持SCC-DFTB？用那个好像还凑合吧。。。

欢迎光临计算化学公社 (http://ccc.keinsci.com/)