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标题: qsub提交作业时用的pbs脚本 [打印本页]

作者
Author: mituoda 时间: 2018-12-2 18:11
标题: qsub提交作业时用的pbs脚本
请问老师，如何用qsub提交您例子中的shell脚本呢
for ((i=0;i<=20;i=i+1))
do
chg=`echo "$i*0.05"|bc`
file=`printf "%4.2f\n" $chg`
echo processing $chg...
cat << EOF > LiF.nw
start
geometry
Li                0.00000000 0.00000000 1.52885
F                0.00000000 0.00000000 0.00000
end
basis
* library def2-svp
end
dft
XC b3lyp
convergence nolevelshifting
cdft 1 1 charge $chg
end
TASK dft
EOF
nwchem LiF.nw > $file.out
done

下面是我提交作业的pbs脚本
#!/bin/bash
#PBS -N aa
#PBS -l nodes=1:ppn=8
#PBS -j oe
#PBS -q gentai
#PBS -l walltime=144:00:00


cd $PBS_O_WORKDIR

NP=`cat $PBS_NODEFILE | wc -l`
NN=`cat $PBS_NODEFILE | sort | uniq | tee /tmp/nodes.$$ | wc -l`
EXEC=/opt/software/nwchem-6.8/bin/LINUX64/nwchem
#mpiexec -genv I_MPI_DEVICE rdma -machinefile /tmp/nodes.$$  -n $NP $EXEC

/opt/software/mpich2-intel/bin/mpirun -np $NP $EXEC inputfile 2>&1|tee out.log
##inputfile  file name
#echo $i >>tg.out
#grep '  free  energy TOTEN' OUTCAR >> tg.out

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