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标题: 分子在EM之后破碎MD之后又复原的问题求教 [打印本页]

作者
Author: Lacrimosa 时间: 2018-12-1 16:17
标题: 分子在EM之后破碎MD之后又复原的问题求教
有个问题想请教各位，大概情况是，在SIO2构成的表面上加入甲苯分子，然后进行能量最小化，结果观察到盒子边缘部分甲苯分子破裂成为短链烃。之后以该文件继续进行动力学模拟，发现之前破碎的甲苯分子全部都复原了。据说是盒子周期性边缘以及VMD显示的问题，但是我去除周期性并放到MS里仍能看到破碎的甲苯分子，因此想问一下是什么问题。
以下是能量最小化之后的图以及能量最小化的mdp文件
C:\Users\Administrator\Desktop\mini.png
以下是EM的mdp文件：
title                      = coo
cpp                      = /usr/bin/cpp
define                   = -DPOSRES_SUR
constraints                = none
integrator                = steep
dt                         = 0.002
nsteps                   = 50000
nstlist                   = 10
ns_type                   = grid
rlist                      = 0.9
coulombtype                = PME
rcoulomb                   = 0.9
vdwtype                   = cut-off
rvdw                      = 0.9
fourierspacing             = 0.12
fourier_nx                = 0
fourier_ny                = 0
fourier_nz                = 0
pme_order                = 4
ewald_rtol                = 1e-5
optimize_fft             = yes
freezegrps                = BOT
freezedim                = Y Y Y
emtol                      = 1000.0
emstep                   = 0.01

作者
Author: Lacrimosa 时间: 2018-12-1 16:19
(, 下载次数 Times of downloads: 44)
补一下图片，请各位见谅

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2018-12-1 19:50

Lacrimosa 发表于 2018-12-1 16:19
补一下图片，请各位见谅

我看是纯显示问题，用trjconv转换一下就行了

作者
Author: Lacrimosa 时间: 2018-12-1 20:58

liyuanhe211 发表于 2018-12-1 19:50
我看是纯显示问题，用trjconv转换一下就行了

感谢您的回复，关于具体细节方面还想请教一下，我在gmx4.0.5输入：trjconv -f mini.gro -pbc whole -o mini-1.gro
出现报错：Can not open file：topol.tpr
请问这个该怎么解决

作者
Author: sobereva 时间: 2018-12-1 20:59

Lacrimosa 发表于 2018-12-1 20:58
感谢您的回复，关于具体细节方面还想请教一下，我在gmx4.0.5输入：trjconv -f mini.gro -pbc whole -o mi ...

需要提供tpr文件，你没提供，故程序自动去找当前目录下的topol.tpr

作者
Author: Lacrimosa 时间: 2018-12-1 21:28

sobereva 发表于 2018-12-1 20:59
需要提供tpr文件，你没提供，故程序自动去找当前目录下的topol.tpr

感谢回复~把tpr文件命名为topol.tpr放入目录后解决了，
借此还想再问您一下，如果运行trjconv指令必须要把tpr文件改为topol.tpr么？当我输入trjconv -f mini.tpr -pbc whole -o mini-1.gro的时候，又会报错提供xtc文件。所以就不太明白，在提供输入文件的时候怎么判断哪些是需要提供的呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2018-12-1 21:31

Lacrimosa 发表于 2018-12-1 21:28
感谢回复~把tpr文件命名为topol.tpr放入目录后解决了，
借此还想再问您一下，如果运行trjconv指令必须要 ...

gmx trjconv -h一看就知道程序需要什么文件，怎么指定路径

作者
Author: Lacrimosa 时间: 2018-12-1 21:33

sobereva 发表于 2018-12-1 21:31
gmx trjconv -h一看就知道程序需要什么文件，怎么指定路径

好的，再次感谢~

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