计算化学公社

标题: DMol3 寻找过渡态问题 [打印本页]

作者
Author: CocuLiu 时间: 2018-11-26 15:45
标题: DMol3 寻找过渡态问题
老师好，我在Dmol3跑完动力学之后，在轨迹文件（.xtd）中选取了中间的两个结构（两个结构并不连续），分别作为反应物和生成物进行优化，再进行寻找过渡态。但是一直出现图中的错误。希望老师给我指导一下。谢谢您！

作者
Author: sobereva 时间: 2018-11-26 16:53
或许两个结构不是基元反应对应的两端的结构
可以用找过渡态好得多的Gaussian找出来过渡态，再用dmol3想办法重现

作者
Author: CocuLiu 时间: 2018-11-26 16:58

sobereva 发表于 2018-11-26 16:53
或许两个结构不是基元反应对应的两端的结构
可以用找过渡态好得多的Gaussian找出来过渡态，再用dmol3想办 ...

老师，之前用高斯做过，但是涉及到三聚体时，高斯计算太慢了，而且报错。
后来才改用Dmol3，想着跑完MD之后，根据轨迹的变化来确定一个范围，再来寻找过渡态。

作者
Author: sobereva 时间: 2018-11-26 17:07

CocuLiu 发表于 2018-11-26 16:58
老师，之前用高斯做过，但是涉及到三聚体时，高斯计算太慢了，而且报错。
后来才改用Dmol3，想着跑完MD ...

嫌Gaussian慢一定是没有正确用对计算方式
杂化泛函Gaussian速度吊打Dmol3。论纯泛函，ORCA开RI速度吊打Dmol3。Dmol3在找过渡态方面什么都不是，找过渡态算法方面Gaussian甩Dmol3几条街。

欢迎光临计算化学公社 (http://ccc.keinsci.com/)