计算化学公社

标题: 从该图中是否可以说明存在过渡态？ [打印本页]

作者
Author: CocuLiu 时间: 2018-11-12 21:24
标题: 从该图中是否可以说明存在过渡态？
该图是DMol3 模块，做完动力学输出的能量随时间变化的情况，从该图中是否可以看出反应存在过渡态？，，如果可以，是怎样分析出的？？

作者
Author: granvia 时间: 2018-11-12 22:24
过渡态属于势能面上驻点，跑MD中的结构应该不是平衡位置的结构吧？

作者
Author: sobereva 时间: 2018-11-13 03:11
跟这种图毫无直接关系

作者
Author: 一颗赛艇 时间: 2018-11-13 07:12
你是不是对过渡态有什么误解

作者
Author: CocuLiu 时间: 2018-11-13 09:21

sobereva 发表于 2018-11-13 03:11
跟这种图毫无直接关系

老师，我明白没有直接关系，我的意思是能不能根据这个图得到一点儿是否存在过渡态的信息。

作者
Author: sobereva 时间: 2018-11-13 11:08

CocuLiu 发表于 2018-11-13 09:21
老师，我明白没有直接关系，我的意思是能不能根据这个图得到一点儿是否存在过渡态的信息。

都没直接联系，显然不能

作者
Author: 啦啦黑还黑 时间: 2018-11-13 22:09
用MD找过渡态都需要限制性一部分自由度，比如非常经典的 metadynamics，Blue moon method，通过设定collective variable可以得到自由能势能面。直接跑md不能得到过渡态

作者
Author: zorowtt 时间: 2018-11-14 13:55
得搜索过渡态吧

作者
Author: CocuLiu 时间: 2018-11-14 15:11

一颗赛艇发表于 2018-11-13 07:12
你是不是对过渡态有什么误解

我想的是，根据这个MD结果，能够找到一个存在过渡态的范围，这样再去找过渡态，不就可以效率高一些吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2018-11-15 06:05

CocuLiu 发表于 2018-11-14 15:11
我想的是，根据这个MD结果，能够找到一个存在过渡态的范围，这样再去找过渡态，不就可以效率高一些吗？

瞎跑MD纯粹浪费时间，有那功夫都能试几十甚至几百次过渡态初猜了。

专门有借助MD自动搜索过渡态的算法，诸如Phys.Chem.Chem.Phys., 2015, 17, 14912，Journal of Computational Chemistry 2015, 36, 222–234

作者
Author: CocuLiu 时间: 2018-11-15 09:46

sobereva 发表于 2018-11-15 06:05
瞎跑MD纯粹浪费时间，有那功夫都能试几十甚至几百次过渡态初猜了。

专门有借助MD自动搜索过渡态的算法 ...

谢谢sob老师

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