计算化学公社

标题: 两个蛋白质，怎么样计算其相互作用的自由能势能面？ [打印本页]

作者
Author: harrypotty18 时间: 2018-11-9 16:56
标题: 两个蛋白质，怎么样计算其相互作用的自由能势能面？
请问下，对于两个蛋白质的相互作用（PPI），怎么样用分子动力学计算他们相互之间吸附的自由能势能面，寻找到表面相结合自由能极小值的几个作用构象？

作者
Author: k64_cc 时间: 2018-11-9 19:31
定义CV，跑enhanced sampling，处理数据。

没了。

作者
Author: fhh2626 时间: 2018-11-10 00:26
算不了，没有任何办法

作者
Author: sobereva 时间: 2018-11-10 00:49
对于你的实际最终目的，可以考虑蛋白质对接，把打分高的二聚体跑MD，做MMGBSA/MMPBSA考察结合自由能看哪种方式结合最强

作者
Author: jackie 时间: 2019-2-8 18:22

sobereva 发表于 2018-11-10 00:49
对于你的实际最终目的，可以考虑蛋白质对接，把打分高的二聚体跑MD，做MMGBSA/MMPBSA考察结合自由能看哪种 ...

MMPBSA算出的自由能和free energy calculations算出的自由能这两种方法有什么区别吗？

作者
Author: kunkun 时间: 2019-2-10 18:47
ZDOCK刚性对接 - ROSETTA DOCK优化 - MD+MMPBSA计算 - 实验突变验证结合位点。

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