计算化学公社

标题: 请问该图中，每一个原子或分子的温度变化是怎么做出来的呢 [打印本页]

作者
Author: CocuLiu 时间: 2018-11-3 20:21
标题: 请问该图中，每一个原子或分子的温度变化是怎么做出来的呢
请问该图中，每一个原子或分子的温度变化是怎么做出来的呢

作者
Author: sobereva 时间: 2018-11-3 20:53
说清楚具体情况，用的什么程序做的MD
对于gromacs，用自带的gmx traj就可以

作者
Author: CocuLiu 时间: 2018-11-3 21:55

sobereva 发表于 2018-11-3 20:53
说清楚具体情况，用的什么程序做的MD
对于gromacs，用自带的gmx traj就可以

老师，我用的dmol3做的，，出来结果只有一个总体系的温度随时间变化

作者
Author: sobereva 时间: 2018-11-4 05:03

CocuLiu 发表于 2018-11-3 21:55
老师，我用的dmol3做的，，出来结果只有一个总体系的温度随时间变化

那你只能想办法在M$里用Perl通过脚本方式把不同片段的原子的速度提取出来，然后自行折算成温度

作者
Author: CocuLiu 时间: 2018-11-4 13:24
好的，谢谢老师

作者
Author: lonemen 时间: 2018-11-4 15:01
哈哈，M$

作者
Author: CocuLiu 时间: 2018-11-4 15:22

lonemen 发表于 2018-11-4 15:01
哈哈，M$

有啥深意吗？？

作者
Author: CocuLiu 时间: 2018-11-5 21:30

sobereva 发表于 2018-11-4 05:03
那你只能想办法在M$里用Perl通过脚本方式把不同片段的原子的速度提取出来，然后自行折算成温度

老师您好，您能给提供以下怎样通过Perl脚本来提取原子的速度吗？
或者给一些使用Perl的实例也行。

作者
Author: sobereva 时间: 2018-11-6 03:32

CocuLiu 发表于 2018-11-5 21:30
老师您好，您能给提供以下怎样通过Perl脚本来提取原子的速度吗？
或者给一些使用Perl的实例也行。

例如
将Material Studio的xtd轨迹文件导出为xyz轨迹文件的方法
http://sobereva.com/143

M$里写脚本的方法、可以用的命令、参数之类见M$的help

作者
Author: sobereva 时间: 2018-11-6 03:32

CocuLiu 发表于 2018-11-4 15:22
有啥深意吗？？

一个字，黑

作者
Author: CocuLiu 时间: 2018-11-6 10:03

sobereva 发表于 2018-11-6 03:32
例如
将Material Studio的xtd轨迹文件导出为xyz轨迹文件的方法
http://sobereva.com/143

老师，我转换成功了。下一步再怎样用VMD来提取或者可视化原子的速度呢？
希望老师给指点指点，同门师兄都没做过这个。

作者
Author: sobereva 时间: 2018-11-7 00:21

CocuLiu 发表于 2018-11-6 10:03
老师，我转换成功了。下一步再怎样用VMD来提取或者可视化原子的速度呢？
希望老师给指点指点，同门师兄 ...

xyz文件拖到VMD main窗口直接就能显示轨迹
"可视化原子的速度"怎么实现看你想以什么方式来表现。如果你要用VMD来分析，先得想办法把速度读到VMD里，然后再自己写VMD的tcl脚本进行分析。下文可以参考
使VMD读入Gromacs产生的trr轨迹中速度信息的方法
http://sobereva.com/117

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