计算化学公社

标题: 有机小分子的溶解性能计算问题 [打印本页]

作者
Author: mitsks 时间: 2018-10-25 15:35
标题: 有机小分子的溶解性能计算问题
各位老师和同学，我想使用Gromacs预测有机小分子在某种溶剂中的是否能够溶解。现在有几种模拟的设想，但是都有疑惑，想向大家请教一下。
1.使用溶质和溶剂分子以(1:1) or (1：n)的体积比混合，看有机物是否能够溶解。疑问是：用多少的体积比好呢？溶剂少了肯定不溶或部分溶解，多了的话或多或少会溶解一些，体积比肯定有影响的，怎么确定呢？
2.使用solvate命令直接将有机物晶体溶剂化。问题是：该扩大盒子多少再使用solvate命令溶剂化。跟上面的疑惑一样，溶剂的多少应该是会影响结果的。
这两种设想哪种可行？或者有别的方法，请大家能指教一下，谢谢了

作者
Author: sobereva 时间: 2018-10-25 21:25
计算的重点不应在于检验是否能溶解，而在于考察溶解度，不管盒子设多大，原理上不影响计算的溶解度，当然盒子越大统计误差越小，但也需要更长时间平衡和更大的计算量

作者
Author: mitsks 时间: 2018-10-25 21:29

sobereva 发表于 2018-10-25 21:25
计算的重点不应在于检验是否能溶解，而在于考察溶解度，不管盒子设多大，原理上不影响计算的溶解度，当然盒 ...

sob老师，我想用高斯计算溶剂化自由能衡量来测量溶解度，动力学模拟只是证明这个有机物能溶于某种特定的溶剂中。所以我在想，我上面的设想哪种可以达到我的目的呢？还有设想后的疑问，老师可以解答一下么？谢谢

作者
Author: sobereva 时间: 2018-10-26 12:10

mitsks 发表于 2018-10-25 21:29
sob老师，我想用高斯计算溶剂化自由能衡量来测量溶解度，动力学模拟只是证明这个有机物能溶于某种特定的 ...

溶解自由能没法直接体现溶解度，因为你还得考虑分子从原先物质中脱离出来需要的能量，还牵扯到升华过程的自由能变

相关讨论在论坛里有无数次，用首页google框搜索溶解度

作者
Author: mitsks 时间: 2018-10-28 09:44

sobereva 发表于 2018-10-26 12:10
溶解自由能没法直接体现溶解度，因为你还得考虑分子从原先物质中脱离出来需要的能量，还牵扯到升华过程的 ...

sob老师，我搜索都看完了，知道可以使用晶格形成能加溶剂化自由能衡量溶解度大小，但是上面两个疑问还是没有解开。

欢迎光临计算化学公社 (http://ccc.keinsci.com/)