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标题: 请教有关cp2k跑十几步就卡住不动的问题 [打印本页]

作者
Author: amagi 时间: 2018-10-17 08:57
标题: 请教有关cp2k跑十几步就卡住不动的问题
第一次用cp2k，情况是这样的：我先用g09优化小分子和溶剂，然后用packmol生成5*5*5nm的体系（只有一个小分子，其他都是有机溶剂），再拿到amber里跑10ps的MD，最后把小分子和周围6埃的溶剂分子取出来拿到cp2k里跑AIMD，总是跑到几十几百步就卡住不动了。以下是我的cp2k输入文参数：@SET BASIS_MOLOPT_DIR /opt/cp2k/cp2k/data/BASIS_MOLOPT
@SET BASIS_SET_DIR /opt/cp2k/cp2k/data/GTH_BASIS_SETS
@SET POTENTIAL_DIR /opt/cp2k/cp2k/data/GTH_POTENTIALS
&GLOBAL
PROJECT_NAME Y3-1
RUN_TYPE  MD
PRINT_LEVEL LOW
&END GLOBAL
&MOTION
&MD
   ENSEMBLE  NVT
   STEPS  10000
   TIMESTEP  2
   TEMPERATURE  373
   &THERMOSTAT
   TYPE  CSVR
   &CSVR
      TIMECON  50
   &END CSVR
   &END THERMOSTAT
&END MD
&END MOTION
&FORCE_EVAL
METHOD  QS
&DFT
   BASIS_SET_FILE_NAME  $BASIS_MOLOPT_DIR
   BASIS_SET_FILE_NAME  $BASIS_SET_DIR
   CHARGE  0
   POTENTIAL_FILE_NAME  $POTENTIAL_DIR
&MGRID
   CUTOFF  300
   REL_CUTOFF  60
&END MGRID
&QS
   EPS_DEFAULT  1.0E-12
   WF_INTERPOLATION  PS
   EXTRAPOLATION_ORDER  3
&END QS
&SCF
   SCF_GUESS  ATOMIC
   &OT  ON
      MINIMIZER CG
   &END OT
   &PRINT
      &RESTART  OFF
      &END
   &END
&END SCF
&XC
   &XC_FUNCTIONAL  BLYP
   &END XC_FUNCTIONAL
   &VDW_POTENTIAL
      POTENTIAL_TYPE PAIR_POTENTIAL
      &PAIR_POTENTIAL
         TYPE DFTD3
         REFERENCE_FUNCTIONAL BLYP
         PARAMETER_FILE_NAME dftd3.dat
         R_CUTOFF 15
      &END
   &END
&END XC
&END DFT
&SUBSYS
&CELL
   ABC 32 37 25
&END CELL
&COORD
...
&END COORD
&KIND H
   BASIS_SET SZV-MOLOPT-SR-GTH
   POTENTIAL GTH-BLYP-q1
&END KIND
&KIND O
   BASIS_SET SZV-MOLOPT-SR-GTH
   POTENTIAL GTH-BLYP-q6
&END KIND
&KIND C
   BASIS_SET SZV-MOLOPT-SR-GTH
   POTENTIAL GTH-BLYP-q4
&END KIND
&KIND N
   BASIS_SET SZV-MOLOPT-SR-GTH
   POTENTIAL GTH-BLYP-q5
&END KIND
&END SUBSYS
&END FORCE_EVAL

作者
Author: 幻七熏 时间: 2018-10-17 09:53
可能是MINIMIZER选得不太好，尝试DIIS，CG跑的很慢

作者
Author: amagi 时间: 2018-10-17 14:50

幻七熏发表于 2018-10-17 09:53
可能是MINIMIZER选得不太好，尝试DIIS，CG跑的很慢

谢谢回复！改成DIIS和0.5的cutoff后跑了90几步还是卡住了:(

作者
Author: 啦啦黑还黑 时间: 2018-10-17 17:09
time step不合理，O-H的振动频率很大，一般0.5 fs或者更小

作者
Author: 幻七熏 时间: 2018-10-17 18:54

amagi 发表于 2018-10-17 14:50
谢谢回复！改成DIIS和0.5的cutoff后跑了90几步还是卡住了:(

可能你的结构变得很差；能量不容易收敛的话用CG结合LINESEARCH项可以试试

作者
Author: amagi 时间: 2018-10-17 19:32

啦啦黑还黑发表于 2018-10-17 17:09
time step不合理，O-H的振动频率很大，一般0.5 fs或者更小

谢谢回复，你和我老板说的一样，我设了0.5还是会卡住，现在正在尝试0.3的timestep

作者
Author: amagi 时间: 2018-10-17 19:35
啊还有一点就是不加溶剂时候是可以一直跑下去的

作者
Author: amagi 时间: 2018-10-17 19:48

幻七熏发表于 2018-10-17 18:54
可能你的结构变得很差；能量不容易收敛的话用CG结合LINESEARCH项可以试试

您说的LINESEARCH是CP2K_INPUT / FORCE_EVAL / DFT / LS_SCF / PAO / LINE_SEARCH吗

作者
Author: 幻七熏 时间: 2018-10-17 20:23

amagi 发表于 2018-10-17 19:48
您说的LINESEARCH是CP2K_INPUT / FORCE_EVAL / DFT / LS_SCF / PAO / LINE_SEARCH吗

就是在OT的菜单里，OT里面有很多设置，CG一般是结合LINESEARCH设置的，我的经验是，convgence如果一直不容易收敛的话DIIS可以解决；如果能量不易收敛的话可以试试CG

作者
Author: k64_cc 时间: 2018-10-18 10:48
你要用周期性吗？看起来盒子的设置比你描述的小分子周围6A要大啊…你确定不要换种方式做盒子？

CG的准确性可能会有问题，我之前跑非周期性有机分子的时候CG会比DIIS高0.5 Hartree，动力学也不大对，但是研究水溶液的时候结果就基本没差别。总之用之前还是要跑个测试为好。另外有机体系的CUTOFF也可以测一下要多少才能收敛，虽然就算不收敛也得用400，不然跑不动……

另外你也没说是在哪卡住了，至少贴一下log最后一百行嘛。

作者
Author: amagi 时间: 2018-10-19 09:26

k64_cc 发表于 2018-10-18 10:48
你要用周期性吗？看起来盒子的设置比你描述的小分子周围6A要大啊…你确定不要换种方式做盒子？

CG的准确 ...

感谢回复！
卡住的地方是ENERGY| Total FORCE_EVAL ( QS ) energy (a.u.)这行，程序会继续运行，但从这就没有输出了，也没有报错；
可能是我描述不够准确，我的小分子其实有将近100个原子还是个长链，有机溶剂是DMF所以盒子就变成这么大了；
现在改用了DIIS和0.5的timestep后就可以一直输出了，旧文件被覆盖掉什么没有了。。
周期性我忘记考虑了，不知道结果影响大不大。

作者
Author: k64_cc 时间: 2018-10-19 10:12

amagi 发表于 2018-10-19 09:26
感谢回复！
卡住的地方是ENERGY| Total FORCE_EVAL ( QS ) energy (a.u.)这行，程序会继续运行，但从这 ...

默认是有的，你要是体系带溶剂，那按理说应该是有周期性的。放心跑就好。

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