计算化学公社

标题: 在VMD中给部分区域原子添加透明分子表面来突出显示 [打印本页]

作者
Author: sobereva 时间: 2018-10-16 13:29
标题: 在VMD中给部分区域原子添加透明分子表面来突出显示
回答之前一个合作者的问题时录了个小视频，有兴趣可以看看

在VMD中给部分区域原子添加透明分子表面来突出显示
https://www.bilibili.com/video/av33943810/

作者
Author: 涅涅尘 时间: 2018-10-16 15:19
是否能出一个关于vmd如何选取部分原子这类操作的教程呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2018-10-17 04:19

涅涅尘发表于 2018-10-16 15:19
是否能出一个关于vmd如何选取部分原子这类操作的教程呢？

简单的按照序号选取例子：
serial 5 to 200 210
即选取5~200和210号原子

想在图形界面里直接通过滑框选取可以用gview，参考这里的演示
使用Multiwfn计算分子的某个片段的电荷
https://www.bilibili.com/video/av26312703/

VMD系统的用法包括选择语句的详细介绍是在北京科音的“分子动力学与GROMACS程序培训班”里详细讲的

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