计算化学公社

标题: 天河2号编译vasp有坑 [打印本页]

作者
Author: sky 时间: 2018-10-7 17:30
标题: 天河2号编译vasp有坑
本帖最后由 sky 于 2018-10-7 17:30 编辑

默认的编译器是Intel2013，在编译vasp5.3及其以上版本时会出错，详见：http://bbs.keinsci.com/thread-10975-1-1.html

天河2号有一份makefile文件可以通过编译正常运行，但它使用的是O1优化，大约有10%左右的速度损失。使用Intel2015.1版本的编译器和O2优化才能正确编译软件。

另外顺便测试了一下编译参数：-DMPI_BLOCK=8000和-DCACHE_SIZE=8000对vasp运行速度无影响，DCACHE_SIZE从4000加到30000，电子步运行速度差异在1s以内(单步耗时接近10s)。
此外INCAR中的参数NCORE对计算速度有重大影响，记得先测试后计算，取值一般为单个节点的CPU核数，比如天河二号上应该设置NCORE = 24

作者
Author: abin 时间: 2018-10-8 15:11
“此外INCAR中的参数NCORE对计算速度有重大影响，记得先测试后计算，取值一般为单个节点的CPU核数，比如天河二号上应该设置NCORE = 24“
这个说的好在行啊！！！

我维护的机器上，一堆菜鸟，不管三七二十一，无论算什么，都要24核心并行。（机器硬件是单节点2个12核心的处理器）。

我曾经提示部分用户，请合理控制使用CPU核心数目，并合理修正输入文件，
当然也提到过，vasp计算，为了跑得快，请根据不同的任务类型，合理调控几个效率相关的关键词。这几个关键词手册中是有的，然后被用户给无情的忽视了。那，算的慢，不要来找我哦。

作者
Author: LGC020305 时间: 2018-10-9 21:56
本帖最后由 LGC020305 于 2018-10-9 21:59 编辑

abin 发表于 2018-10-8 15:11
“此外INCAR中的参数NCORE对计算速度有重大影响，记得先测试后计算，取值一般为单个节点的CPU核数，比如天 ...

"一堆菜鸟，不管三七二十一，无论算什么，都要24核心并行。（机器硬件是单节点2个12核心的处理器）"
深有同感啊，有时候很无语.
我这边，好多老师（不是菜鸟啊）每次都用全部核心并行，一下子提交几十个任务，别提多烦人了.

作者
Author: wswlgh 时间: 2018-10-14 11:00

abin 发表于 2018-10-8 15:11
“此外INCAR中的参数NCORE对计算速度有重大影响，记得先测试后计算，取值一般为单个节点的CPU核数，比如天 ...

大拿，什么时候写个东西，让我这些新手学习一下啊。我们也想省时省核啊

作者
Author: abin 时间: 2018-10-15 08:51

wswlgh 发表于 2018-10-14 11:00
大拿，什么时候写个东西，让我这些新手学习一下啊。我们也想省时省核啊

这个很简单。

我管理的机器上，我都有指定的脚本。并且脚本所在的目录，都有readme.txt文档。
但是，绝大多数用户，都不会看的，都会找百度的结果来用。

我的态度是，你爱用不用。算的慢，又不是我的事情。

作者
Author: 哆啦哆啦 时间: 2018-11-27 09:40

abin 发表于 2018-10-15 08:51
这个很简单。

我管理的机器上，我都有指定的脚本。并且脚本所在的目录，都有readme.txt文档。

老师，请问在天河二号上高斯计算怎样最优化？

作者
Author: abin 时间: 2018-11-27 09:47
本帖最后由 abin 于 2018-11-27 09:48 编辑

哆啦哆啦发表于 2018-11-27 09:40
老师，请问在天河二号上高斯计算怎样最优化？

我不使用天河二号，你问他们的技术服务呗。

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